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      Allen Cell Explorer 數(shù)據(jù)門戶為人類干細胞提供了前所未有的視角
      
			
      
				2018-12-29 11:06:03
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      艾倫細胞科學研究所今天宣布推出Allen Cell Explorer：一種獨一無二的門戶和動態(tài)數(shù)字窗口進入人體細胞。該網(wǎng)站結(jié)合了大規(guī)模的3D成像數(shù)據(jù)，深度學習的第一個應用，創(chuàng)建細胞組織的預測模型，基因編輯的人類干細胞系和一套不斷增長的強大工具。Allen Cell Explorer將成為Allen Institute for Cell Science創(chuàng)建和共享的這些和未來可公開資源的平臺。
      

      Allen Cell Explorer 數(shù)據(jù)門戶為人類干細胞提供了前所未有的視角
      

      “細胞非常復雜，有數(shù)千個移動和相互作用的部分共同作用，驅(qū)動和調(diào)節(jié)細胞結(jié)構(gòu)和行為，”艾倫細胞科學研究所執(zhí)行主任Rick Horwitz博士說。“我們非常高興能夠推出Allen Cell Explorer網(wǎng)站，并與全球科學界分享我們的細胞，令人難以置信的圖像數(shù)據(jù)，預測模型等。”
      

      “Allen Cell Explorer對人體細胞的組織進行了非凡的觀察”艾倫研究所總裁兼首席執(zhí)行官Allan Jones博士說。“艾倫細胞科學研究所提供的這些免費工具的第一部分遵循我們的遺產(chǎn)，從艾倫腦科學研究所和艾倫腦圖譜開始，創(chuàng)建和分享強大的開放科學工具，推動全球創(chuàng)新。 “
      

      集成細胞模型是Allen Cell Explorer發(fā)布的特色組件，是第一個應用深度學習技術(shù)預測人類干細胞組織的模型。為了創(chuàng)建該模型，研究人員在數(shù)千個高質(zhì)量人類干細胞圖像上訓練了一個計算工具，以了解其組成部分的組織方式。該網(wǎng)站目前展示了集成細胞模型對細胞組織的預測與實際圖像數(shù)據(jù)之間的比較，證明了該模型預測的令人印象深刻的準確性。模型的未來迭代還將允許用戶以三維方式生成和探索這些虛擬單元。
      

      “這是研究人員第一次使用深度學習來嘗試理解關(guān)于實際細胞如何組織的難以捉摸的問題，”霍維茨說。“我們在教科書中依賴的漫畫，基于藝術(shù)家對來自相對較少數(shù)量的細胞的數(shù)據(jù)的解釋，最終將被來自非常大量細胞的數(shù)據(jù)驅(qū)動模型所取代。”
      

      門戶網(wǎng)站上的另一個工具3D Cell Viewer可以在線訪問三維可視化的最大公眾可用的人類干細胞集合。用戶可以查看和操作數(shù)千個基因編輯的細胞，并探索其細胞內(nèi)組織的驚人變異性 - 甚至可以在網(wǎng)絡瀏覽器中直接在彼此克隆的細胞中，或通過將數(shù)據(jù)下載到他們的桌面。
      

      Allen Cell Explorer還包括使用最先進的生物工具。細胞目錄包含Allen Institute基因編輯的人類干細胞系的詳細信息和質(zhì)量控制措施，作為Coriell Cell Repository的Allen Cell Collection的一部分，可供社區(qū)使用。為了讓更多的研究人員能夠利用基因編輯的力量，可以通過Addgene獲得用于創(chuàng)建線條的質(zhì)粒和如何使用它們的說明。
      

      “對于Allen Cell Explorer的推出，最令我興奮的事情之一是它如何使用與人類生物學相關(guān)的細胞，而不是現(xiàn)代生物醫(yī)學研究所必需的培養(yǎng)細胞，”Anne說。 E. Carpenter，博士，哈佛大學和麻省理工學院成像平臺主任。
      

      “作為一個整體，這個公開的門戶網(wǎng)站將使研究人員能夠提出關(guān)于細胞變異性的重要新問題，以及它們在生長，分化和應對藥物時如何變化，”霍維茨說。“作為一個社區(qū)，我們可以應用和擴展這些工具，在細胞生物學領(lǐng)域?qū)崿F(xiàn)跨越式發(fā)展，并對我們對人類健康和疾病的研究產(chǎn)生重大影響。”
      
			

			
        
      
			
      
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