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      新的RNA測序策略提供了洞察微生物的條件
      
			
      
				2018-12-23 19:14:11
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      芝加哥大學的研究人員已經開發(fā)出一種高通量核糖核酸測序策略研究腸道微生物的活動，新工具分析轉移核糖核酸分子,羅塞塔石碑DNA編碼的遺傳信息翻譯成蛋白質執(zhí)行基本的生物功能。開發(fā)一個明確的tRNA動力學將讓科學家了解天然微生物的活動,并研究其對環(huán)境變化的反應,如不同的溫度或改變可用性的營養(yǎng)。
      

      新的RNA測序策略提供了洞察微生物的條件
      

      在一項新的研究發(fā)表在《自然通訊,一組科學家為首道,博士,生物化學和教授分子生物學,a Murat、博士UChicago醫(yī)學助理教授,展示了應用程序的tRNA測序的直覺微生物組樣本的老鼠被喂食低脂肪或高脂肪的飲食。
      

      新的軟件和計算策略的研究中,研究者描述了創(chuàng)建了一個目錄的tRNA分子從腸道中恢復過來樣品,跟蹤他們回到細菌負責表達式,并測量化學修改的tRNA轉錄后發(fā)生。
      

      平均每個tRNA在細菌中有八個化學修飾,可以調整其功能。新的高通量測序和分析策略檢測兩個,但它也可以測量修改等級從0到100%在每個站點上。的水平的一個修改,稱為m1A,高在腸道微生物組的老鼠喂食高脂肪的飲食。這是第一次科學家已經能夠看到任何微生物tRNA修改水平變化。
      

      “我們正在倒退,”潘說。“我們沒有先入為主的概念為什么m1A tRNA的修改實際上或他們在做什么,但是看到任何修改變化的微生物是前所未有的。”
      

      m1A修改幫助合成某些類型的蛋白質可能更豐富的高脂肪食物。研究人員還不知道如果這些修改飲食差異發(fā)生在回應,或者如果他們已經存在并成為積極加強這些蛋白質的合成。
      

      一系列微生物的研究是第一次從UChicago項目由凱克基金會的資助。鍋已經率先使用tRNA測序工具,和格蘭特將基金繼續(xù)努力使他們普遍通過新的計算策略,Eren發(fā)展。大型數據集的生成的tRNA測序可以提供關鍵的見解微生物與人類或環(huán)境以較低的成本。
      

      “分子和計算的進步,出現了在過去的二十年里只有幫助我們抓的表面微生物及其對周圍環(huán)境的影響,“Eren說。“通過提供快速和負擔得起的見解轉化的核心機械、tRNA測序不僅可能成為一種獲得微生物反應微妙的見解環(huán)境變化不容易被測量通過其他方式,但也帶來更多的生物學和RNA RNA表觀遺傳學到微生物的快速發(fā)展的領域。”
      

      鍋和Eren一致認為,這部小說有很多改進空間策略,他們希望它能很快發(fā)生。
      

      “有多種方式檢查微生物活動,但沒有什么是更快,讓你比排序的數據量,”潘說。“我們已經開發(fā)出一種新方法,微生物通過tRNA的報道活動,所以在高吞吐量。這才是真正的價值。”
      
			

			
        
      
			
      
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