25個新基因組 以慶祝桑格研究所25年
為了紀念Wellcome Trust Sanger Institute于2018年年滿25歲,該研究所及其合作者正在對25個新的基因組進行測序。從黑莓到知更鳥,叢林蟋蟀到褐鱒魚,這25種都存在于英國,代表著這個國家豐富的物種。已經(jīng)確定了20種,其余5種將由公眾和學童投票選為“我是科學家,讓我離開這里”的一部分。結(jié)果將公開發(fā)布,并將導致未來的研究,以了解英國的生物多樣性,并有助于保護和理解這些物種。
桑格研究所由Sir John Sulston教授于1993年創(chuàng)立,作為人類基因組計劃的一部分。該研究所對第一個人類基因組的金標準序列做出了最大的單一貢獻,該序列于2003年出版。
甲基因組是一個生物體的完整集的寫入DNA的遺傳指令。每個基因組都包含構(gòu)建該生物體并使其生長和發(fā)育所需的所有信息。
自人類基因組標志性建成以來,桑格研究所已成為全球公認的基因組學領域的領導者。許多更重要的參考基因組已經(jīng)被測序 - 從小鼠和斑馬魚基因組到豬,大猩猩,蚊子和許多其他基因組。除動物物種外,傳染病和細菌在參考基因組列表中也占有突出地位,從沙門氏菌和MRSA到衣原體和瘧疾。所有這些都提供了關于這些物種在健康和疾病方面的重要見解。
現(xiàn)在,桑格研究所及其合作伙伴正在全面測序來自英國的25種物種。該項目對一項更大規(guī)模的工作做出了很小的貢獻,來自世界各地的科學家們聚集在一起制定了一個計劃,對地球上的所有生命進行排序。
高質(zhì)量的基因組將為科學家們利用這些信息打開大門,研究人員可以發(fā)現(xiàn)英國物種如何應對環(huán)境壓力,以及他們在遺傳學中保持什么秘密,使他們能夠蓬勃發(fā)展或掙扎。
Wellcome Trust Sanger研究所所長Mike Stratton教授說:“二十五年前,基因組學領域是一個萌芽的想法,其意義只是夢想的。今天,基因組學和生物數(shù)據(jù)的現(xiàn)實是它正在改變我們的理解,疾病的診斷和治療,從癌癥和心臟病到瘧疾和感染。推動這一發(fā)現(xiàn)時代的科學和技術(shù)正在加速我們對人體的理解,也加速了我們對周圍世界的理解。
這個項目是在世界各地進行了許多深思熟慮的對話之后,關于我們這個星球上有多少物種在未來幾十年內(nèi)可以進行排序 - 原則上,所有這些都是如此。我們正在著手為地球上的所有生命做出貢獻。“
Wellcome Trust Sanger研究所副主任Julia Wilson博士說:“通過對這25個基因組進行測序,科學家將更好地了解英國物種,它們是如何到達這里的,它們的進化以及不同物種如何適應不斷變化的環(huán)境結(jié)果可以揭示這些物種中隱藏的真相,并使科學界能夠了解我們的世界是如何在我們周圍不斷變化和發(fā)展的。我們希望以特殊的“桑格”方式慶祝桑格研究所成立25周年,我很高興看到25基因組計劃如何展開。“
PacBio長讀序列技術(shù)使該項目成為可能,該技術(shù)可為組裝生成高質(zhì)量的基因組。該研究所正在與PacBio和其他技術(shù)領域的領導者10x Genomics和Illumina合作,以創(chuàng)建這些基因組的最全面的視圖。
根據(jù)它們所具有的品質(zhì),這25種物種分為五類:蓬勃發(fā)展,英國種類繁多; 瀕臨滅絕,瀕危和衰退的物種; 危險,入侵和有害物種; 我們都認識到的標志性的,典型的英國物種; 隱秘的物種,僅憑外觀,看不見或與其他物種無法區(qū)分。
自然歷史博物館生命科學負責人蒂姆·利特伍德說:“自然歷史博物館很自豪能與桑格研究所合作慶祝他們的25歲生日,并慶?;蚪M測序等分子技術(shù)可以帶來的進步。研究英國野生動物。我們關注的8000萬個標本來自世界各地,擁有豐富的遺傳信息,使我們能夠開展創(chuàng)新研究,應對全球挑戰(zhàn)。特別歡迎以最先進技術(shù)關注英國生物多樣性。“
到目前為止,已經(jīng)確定了25個物種中的20個,其余的“五大”將由學童和公眾投票選出,作為“我是科學家,讓我離開這里”的一部分,從11月6日開始2017年12月8日。來自桑格研究所,更廣泛的惠康基因組校園,自然歷史博物館和其他機構(gòu)的科學家和團隊將為一個物種提供支持,并正面對面進行公眾投票。最后五個站點將完成發(fā)送給序列發(fā)生器的物種集。
自然歷史博物館公民科學項目經(jīng)理Lucy Robinson說:“讓學校學生和英國人民負責科學研究的方向是很棒的。通過與科學家聊天和使用在線平臺投票,他們可以將這種基因組研究引向他們真正關心的物種和問題。“
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