AIBN研究人員識別癌癥DNA
近期,發(fā)表于《自然》子刊《Nature Communications》上的一項研究,為癌癥早期診斷帶來了令人眼前一亮的新方法。昆士蘭大學的澳大利亞生物工程與納米技術(shù)研究所(Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology,AIBN)的研究人員發(fā)現(xiàn),多種癌癥的癌細胞DNA都有一種特異性的結(jié)構(gòu),在此基礎(chǔ)上開發(fā)出的一種簡便診斷測試,有望成為普適性的癌癥早期診斷方法。
“癌癥是一類特別復雜、極其多變的疾病,因此很難找到一種所有癌癥共有、但又有別于健康細胞的簡單特征。”該研究的第一作者Abu Sina博士說。不過現(xiàn)在,他們找到了一種特征,幾乎可以滿足他們的要求。
▲本研究的三位作者(從左到右分別為Matt Trau教授,Abu Sina博士和Laura Carrascosa博士)來自昆士蘭大學澳大利亞生物工程與納米技術(shù)研究所
從腫瘤上脫落并進入外周血循環(huán)的癌細胞(即循環(huán)腫瘤細胞,簡稱CTC)是癌癥的生物標志物之一。伴隨著癌細胞分裂和死亡,細胞內(nèi)的各種物質(zhì),包括DNA片段,被釋放出來,也會進入血液循環(huán)。基于CTC的液體活檢技術(shù)是近年腫瘤研究、尤其是癌癥早期診斷的熱門領(lǐng)域,比如通過測序檢測血液中游離的DNA是否帶有腫瘤特異的相關(guān)突變。
有一些科學家想到,可以借助DNA在表觀遺傳學上的變化幫助癌癥診斷。在成熟細胞的DNA分子上,通常連著一些甲基基團,這種化學修飾可以調(diào)控基因的表達。而腫瘤DNA上的甲基化特征與來自健康組織的DNA不同。
AIBN的研究人員就從DNA甲基化的物理化學特征入手,找到了一種簡便的區(qū)分方法。健康細胞的基因組中,DNA上的甲基基團大致均勻分布。但癌細胞的基因組中情況就不一樣了,大部分DNA片段上甲基基團缺失,某些區(qū)域上則聚集著致密的甲基基團。研究人員檢查了多種癌癥的樣品,發(fā)現(xiàn)這種納米尺度的結(jié)構(gòu)特點在乳腺癌、前列腺癌、結(jié)直腸癌和淋巴瘤等各類癌細胞DNA中都存在。
▲健康細胞的DNA和腫瘤細胞的DNA有不同的甲基化模式,因而在溶劑中有不同的折疊方式,導致與金表面的吸附能力不一樣。
這種甲基基團分布的結(jié)構(gòu)特點造成一個結(jié)果:循環(huán)腫瘤DNA分子和健康細胞DNA分子在溶液中形成的3D折疊形態(tài)不同,進而與裸露金屬表面的吸附能力有差別。研究人員把來自外周血的DNA片段放入溶液,其中循環(huán)腫瘤DNA分子在致密甲基基團的影響下形成特殊的3D結(jié)構(gòu),被金箔電極所吸附,從溶液中分離出來。測量金箔吸附DNA后的電化學特性是否改變,不到10分鐘就可以得出是否存在腫瘤DNA的分析結(jié)果。
接下來,研究人員開發(fā)了一種更直觀的檢測方法。“我們利用納米金顆粒設(shè)計了一種簡便的測試方法,溶液內(nèi)存在腫瘤DNA形成的3D納米結(jié)構(gòu)時,會立刻變色。”昆士蘭大學的化學教授、AIBN的聯(lián)合創(chuàng)始人Matt Trau教授介紹。
在實驗室測試中,只消一滴血,得到少量經(jīng)純化的DNA就可以通過溶液顏色看到檢測結(jié)果。目前為止,研究人員已測試了200例腫瘤樣品和正常DNA樣品,在一部分癌癥類型中準確率高達90%。
接下來,研究人員將評估這項技術(shù)應用于更多類型的癌癥、癌癥的各個時期、不同體液的效果,以及在預后評估上的應用。腫瘤以狡猾多變出名,癌癥發(fā)展方式多種多樣,是否所有腫瘤都有相同的甲基化模式還有待繼續(xù)驗證。并且,這種測試方法得到的結(jié)果只能告訴我們是不是有癌癥存在,還需要進一步分析才能確定癌癥的具體類型。不過,這項技術(shù)靈敏簡便又快捷,很有潛力成為一種癌癥早篩的替代方案。
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