支持西非埃博拉病毒爆發(fā)反應(yīng)的陸軍科學(xué)家已經(jīng)在利比里亞建立了第一個基因組監(jiān)測能力，使他們能夠在采集樣本的一周內(nèi)監(jiān)測病毒的基因變化。最近在網(wǎng)絡(luò)版“ 新興傳染病”上發(fā)表了一篇描述他們工作的文章。

在本文中，研究小組根據(jù)2014年9月至2015年2月獲得的25株利比里亞分離株的基因組重建結(jié)果，對導(dǎo)致埃博拉病毒 Makona 進化的潛在影響進行了簡要評估，該菌株是造成當(dāng)前疫情的菌株。

這些序列與向利比里亞的單次病毒導(dǎo)入是一致的。但是，根據(jù)資深作者古斯塔沃·帕拉西奧斯(Gustavo Palacios)博士的說法，與來自馬里的分離株有共同的血統(tǒng)，表明至少有另外一種遷入或遷出利比里亞的事例。疾病(USAMRIID)。

據(jù)第一作者杰弗里·庫格曼(Jeffrey Kugelman)博士稱，到目前為止，埃博拉病毒Makona基因組測序的工作一直受阻于將樣品送回美國進行分析所需的時間。

USAMRIID的病毒遺傳學(xué)家Kugelman說：“這發(fā)生的速度還不夠快。” “我們需要幾天而不是幾周或幾個月的答案。”

Kugelman最近從利比里亞返回，在那里他花了四個月的時間在利比里亞生物醫(yī)學(xué)研究所(LIBR)建立了基因組學(xué)實驗室。建立了實驗室，這是LIBR和USAMRIID之間的合作，旨在表征埃博拉病毒基因組，以評估診斷和治療靶標(biāo)的侵蝕，并為在利比里亞工作的科學(xué)和公共衛(wèi)生界提供病毒基因組信息。

這組作者說，實時評估病毒的變化對于確定這些變化是否可能對診斷和治療產(chǎn)生影響至關(guān)重要。

他們指出：“變化的速度通常與先前對突變率的估計一致。” “我們觀察到的六種變化都在基于序列的埃博拉病毒醫(yī)學(xué)對策的已知結(jié)合位點內(nèi)。但是，目前利比里亞內(nèi)埃博拉病毒進化對診斷和治療的影響似乎很低。”

帕拉西奧斯說，如果沒有在利比里亞建立基因組監(jiān)測實驗室，該研究小組的工作就不可能實現(xiàn)。他強調(diào)，在未來病毒爆發(fā)期間，全球測序能力必須作為第一反應(yīng)的一部分。

Palacios說：“對于這種類型的病毒感染，具有這種能力是絕對必要的。” “能夠幫助建立感染線...能夠在診斷和治療中尋找靶標(biāo)侵蝕...所有這些都很重要。”

據(jù)庫格爾曼說，USAMRIID在將實驗室能力轉(zhuǎn)移到現(xiàn)場的經(jīng)驗非常寶貴。

庫格爾曼說：“由于美國核磁共振研究所，海軍和美國國立衛(wèi)生研究院去年建立了埃博拉病毒診斷能力，我們已經(jīng)與LIBR建立了工作關(guān)系。” “而且由于診斷實驗室已經(jīng)在從患者樣本中提取核酸，因此我們知道我們將能夠使用這些分離物進行測序研究，而無需考慮其他生物收容措施。”

Kugelman說，在進行設(shè)置之前必須獲得數(shù)項批準(zhǔn)，并且團隊在操作實驗室方面面臨許多后勤方面的挑戰(zhàn)。電力必須由發(fā)電機提供，互聯(lián)網(wǎng)功能必須通過衛(wèi)星提供，并且儀器(Illumina MiSeq測序平臺)需要純凈水才能運行。Kugelman還必須完成為期兩周的培訓(xùn)計劃，才能成為Illumina認(rèn)證的技術(shù)人員，以便他可以在現(xiàn)場對該儀器進行必要的維修。

庫格爾曼說：“排序過程大約需要三天，因此電源故障或燃料短缺會使該過程更加復(fù)雜。” “但這是一個功能完備的基因組學(xué)實驗室，而我們能夠?qū)⑾乱淮鷾y序技術(shù)應(yīng)用于暴發(fā)地區(qū)這一事實產(chǎn)生了相當(dāng)大的影響。”

Palacios說，既然已經(jīng)建立了LIBR的基因組學(xué)中心，它將支持全國范圍內(nèi)的監(jiān)視項目，以調(diào)查水庫動物和疾病的昆蟲媒介，以查明潛在威脅。此外，該中心將支持對來自未知來源的嚴(yán)重疾病患者的樣本進行持續(xù)評估，為西非提供重要的公共衛(wèi)生資產(chǎn)。過渡的關(guān)鍵是Suzanne Mate博士，他目前是利比里亞USAMRIID的基因組學(xué)實驗室負(fù)責(zé)人。

Mate和她的同事正在與公共衛(wèi)生官員緊密合作，以了解埃博拉病毒病的傳播，將流行病學(xué)報告和從患者樣本中提取的病毒核酸的基因組監(jiān)測合并到一條傳播鏈中。LIBR新建立的基因組學(xué)實驗室在幫助追蹤利比里亞最近的埃博拉病毒感染病例的來源方面發(fā)揮了作用，據(jù)報道這與與EVD幸存者的性接觸有關(guān)，如該雜志5月1日發(fā)表的文章所述。發(fā)病率和死亡率每周報告。針對此案例報告，

埃博拉病毒在人類和非人類靈長類動物中引起嚴(yán)重的出血熱，死亡率很高，并且繼續(xù)在新的地理位置出現(xiàn)，包括迄今為止最大的爆發(fā)地點西非。根據(jù)世界衛(wèi)生組織的數(shù)據(jù)，在幾內(nèi)亞，利比里亞和塞拉利昂已報告了超過26,500例確診，可能和疑似病例，報告死亡人數(shù)超過11,000。

USAMRIID的使命是提供先進的醫(yī)療能力，以威懾和防御當(dāng)前和新興的生物威脅因子。該研究所作為美國國防部減少威脅局化學(xué)與生物防御聯(lián)合科學(xué)技術(shù)辦公室的首席軍事醫(yī)學(xué)研究實驗室，發(fā)揮著關(guān)鍵作用。USAMRIID是美國陸軍醫(yī)學(xué)研究與裝備司令部的下屬實驗室。