25個新的基因組以慶祝桑格研究所25年
為了紀(jì)念Wellcome Trust Sanger Institute于2018年年滿25歲,該研究所及其合作者正在對25個新的基因組進(jìn)行測序。從黑莓到知更鳥,叢林蟋蟀到褐鱒魚,這25種都存在于英國,代表著這個國家豐富的物種。已經(jīng)確定了20種,其余5種將由公眾和學(xué)童投票選為“我是科學(xué)家,讓我走出這里”的一部分。結(jié)果將公開發(fā)布,并將導(dǎo)致未來的研究,以了解英國的生物多樣性,并幫助保護(hù)和理解這些物種。
桑格研究所由Sir John Sulston教授于1993年創(chuàng)立,作為人類基因組計(jì)劃的一部分。該研究所對第一個人類基因組的金標(biāo)準(zhǔn)序列作出了最大的單一貢獻(xiàn),該序列于2003年出版。
甲基因組是一個生物體的完整集的寫入DNA的遺傳指令。每個基因組都包含構(gòu)建該生物體并使其生長和發(fā)育所需的所有信息。
自人類基因組標(biāo)志性建成以來,桑格研究所已成為全球公認(rèn)的基因組學(xué)領(lǐng)域的領(lǐng)導(dǎo)者。許多更重要的參考基因組已經(jīng)被測序 - 從小鼠和斑馬魚基因組到豬,大猩猩,蚊子和許多其他基因組。除動物物種外,傳染病和細(xì)菌在參考基因組列表中也占有突出地位,從沙門氏菌和MRSA到衣原體和瘧疾。所有這些都提供了關(guān)于這些物種在健康和疾病方面的重要見解。
現(xiàn)在,桑格研究所及其合作伙伴正在全面測序來自英國的25種物種。該項(xiàng)目對更大規(guī)模的事業(yè)做出了微小的貢獻(xiàn),來自世界各地的科學(xué)家聚集在一起制定了一個計(jì)劃,對地球上的所有生命進(jìn)行排序。
高質(zhì)量的基因組將為科學(xué)家們利用這些信息打開大門,研究人員可以發(fā)現(xiàn)英國物種如何應(yīng)對環(huán)境壓力,以及他們在遺傳學(xué)中保持什么秘密,使他們能夠蓬勃發(fā)展或掙扎。
Wellcome Trust Sanger研究所所長Mike Stratton教授說:“二十五年前,基因組學(xué)領(lǐng)域是一個萌芽的想法,其意義只是夢想的。今天,基因組學(xué)和生物數(shù)據(jù)的現(xiàn)實(shí)是它正在改變我們的理解,疾病的診斷和治療,從癌癥和心臟病到瘧疾和感染。推動這一發(fā)現(xiàn)時(shí)代的科學(xué)和技術(shù)正在加速我們對人體的理解,也加速了我們對周圍世界的理解。
這個項(xiàng)目是在世界各地進(jìn)行了許多深思熟慮的談話之后,關(guān)于我們這個星球上有多少物種可以在未來幾十年內(nèi)進(jìn)行排序 - 原則上,所有這些都是如此。我們正在著手為地球上所有生命的排序做出貢獻(xiàn)。“
Wellcome Trust Sanger研究所副主任Julia Wilson博士說:“通過對這25個基因組進(jìn)行測序,科學(xué)家將更好地了解英國物種,它們是如何到達(dá)這里的,它們的進(jìn)化以及不同物種如何適應(yīng)不斷變化的環(huán)境結(jié)果可以揭示這些物種中隱藏的真相,并使科學(xué)界能夠了解我們的世界如何在我們周圍不斷變化和發(fā)展。我們希望以特殊的“桑格”方式慶祝桑格研究所成立25周年,我很高興看到25基因組計(jì)劃如何展開。“
PacBio長讀序列技術(shù)使該項(xiàng)目成為可能,該技術(shù)可為組裝生成高質(zhì)量的基因組。該研究所正在與PacBio和其他技術(shù)領(lǐng)域的領(lǐng)導(dǎo)者10x Genomics和Illumina合作,以創(chuàng)建這些基因組的最全面的視圖。
根據(jù)它們所具有的品質(zhì),這25種物種分為五類:蓬勃發(fā)展,英國種類繁多;瀕臨滅絕,瀕危和衰落的物種;危險(xiǎn),侵入性和有害物種;我們都認(rèn)識到的標(biāo)志性的,典型的英國物種;隱秘的物種,僅憑外觀就看不見或與其他物種無法區(qū)分。
自然歷史博物館生命科學(xué)負(fù)責(zé)人蒂姆·利特伍德說:“自然歷史博物館很榮幸能與桑格研究所合作慶祝他們的25歲生日,并慶?;蚪M測序等分子技術(shù)可以帶來的進(jìn)步。研究英國野生動物。我們關(guān)注的8000萬個標(biāo)本來自世界各地,擁有豐富的遺傳信息,使我們能夠進(jìn)行創(chuàng)新研究,應(yīng)對全球挑戰(zhàn)。特別歡迎利用尖端技術(shù)關(guān)注英國生物多樣性。“
到目前為止,已經(jīng)確定了25個物種中的20個,其余的“五大”將由學(xué)童和公眾投票,作為“我是科學(xué)家,讓我離開這里”的一部分,從11月6日開始2017年12月8日。來自桑格研究所,更廣泛的惠康基因組校園,自然歷史博物館和其他機(jī)構(gòu)的科學(xué)家和團(tuán)隊(duì)將為一個物種提供支持,并正面對面進(jìn)行公眾投票。最后五個站點(diǎn)將完成發(fā)送給序列發(fā)生器的物種集。
自然歷史博物館的公民科學(xué)項(xiàng)目經(jīng)理Lucy Robinson說:“讓學(xué)校學(xué)生和英國人民負(fù)責(zé)科學(xué)研究的方向是非常棒的。通過與科學(xué)家聊天和使用在線平臺投票,他們可以將這種基因組研究引向他們真正關(guān)心的物種和問題。“
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