基因組揭示了長(zhǎng)頸鹿獨(dú)特特征的線索
一個(gè)國(guó)際研究小組對(duì)長(zhǎng)頸鹿及其最近的親戚基因組進(jìn)行了測(cè)序,霍加,以及 - 通過與其他哺乳動(dòng)物的比較分析 - 確定了70種在長(zhǎng)頸鹿中表現(xiàn)出多種適應(yīng)跡象的基因。
賓夕法尼亞州立大學(xué)的Douglas Cavener教授和他的同事們說:“長(zhǎng)頸鹿的標(biāo)志性長(zhǎng)脖子和腿的起源,結(jié)合起來將其身形提升到最高的陸地動(dòng)物,在整個(gè)有記錄的歷史中引起了人們的興趣。”坦桑尼亞,肯尼亞和英國(guó)。
“長(zhǎng)頸鹿獨(dú)特的解剖結(jié)構(gòu)帶來了相當(dāng)大的存在挑戰(zhàn),三個(gè)系統(tǒng)承擔(dān)著最大的負(fù)擔(dān):(i)維持血壓穩(wěn)態(tài)的心血管系統(tǒng);(ii)肌肉骨骼系統(tǒng),以支持垂直拉長(zhǎng)的體重;(iii)通過長(zhǎng)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)快速傳遞信號(hào)的神經(jīng)系統(tǒng)。“
為了確定可能導(dǎo)致長(zhǎng)頸鹿獨(dú)特特征的遺傳變化,Cavener教授及其合作者將馬賽長(zhǎng)頸鹿(Giraffa camelopardalis tippelskirchi)和霍加(Okapia johnstoni)的基因編碼序列與其他40多種哺乳動(dòng)物進(jìn)行了比較,包括牛,羊,山羊,駱駝和人類。
“來自肯尼亞馬塞拉瑪拉和納什維爾動(dòng)物園的兩只馬賽長(zhǎng)頸鹿的全基因組序列,以及來自白橡樹溫室的一只胎兒霍加,通過構(gòu)建配對(duì)末端文庫(kù),然后使用Illumina HiSeq進(jìn)行測(cè)序,確定產(chǎn)生大約。30 x覆蓋率,“他們說。
“長(zhǎng)頸鹿是最近的親戚,也是長(zhǎng)頸鹿家族中唯一的其他成員,它提供了有用的比較,因?yàn)樗痪邆溟L(zhǎng)頸鹿所具有的這些獨(dú)特屬性。”
“Okapi的基因序列與長(zhǎng)頸鹿的基因序列非常相似,因?yàn)榛艏觓nd和長(zhǎng)頸鹿僅在11到1200萬年前從共同的祖先分離出來 - 相對(duì)最近在進(jìn)化時(shí)間尺度上,”Cavener教授補(bǔ)充說。
科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)了70個(gè)顯示出多種適應(yīng)跡象的基因。
“這些改編包括獨(dú)特的氨基酸序列取代,預(yù)計(jì)會(huì)改變蛋白質(zhì)功能,蛋白質(zhì)序列差異和陽性自然選擇,”Cavener教授說。
在這個(gè)團(tuán)隊(duì)的發(fā)現(xiàn)中,有幾個(gè)已知的調(diào)節(jié)心血管系統(tǒng)發(fā)育或控制血壓的基因都是在長(zhǎng)頸鹿中表現(xiàn)出多種適應(yīng)跡象的基因。
這些基因中的一些控制心血管發(fā)育和骨骼發(fā)育,這表明長(zhǎng)頸鹿的身材和渦輪增壓心血管系統(tǒng)通過少量基因的變化協(xié)同進(jìn)化的有趣可能性。
該團(tuán)隊(duì)還發(fā)現(xiàn)了長(zhǎng)頸鹿長(zhǎng)頸和腿的進(jìn)化的遺傳線索,這些長(zhǎng)頸和腿具有與人類和其他哺乳動(dòng)物的頸部和腿部相同的骨骼數(shù)量。
“為了達(dá)到他們非凡的長(zhǎng)度,長(zhǎng)頸鹿頸椎和腿骨已經(jīng)發(fā)展到很大程度上。Cavener教授說,至少需要兩個(gè)基因 - 一個(gè)基因指定骨骼區(qū)域生長(zhǎng)更多,另一個(gè)基因刺激增長(zhǎng)。“
研究人員確定了已知可調(diào)節(jié)這兩種功能的基因。
“這些基因中最有趣的是FGFRL1,它具有一系列長(zhǎng)頸鹿特有的氨基酸取代,位于蛋白質(zhì)結(jié)合成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子的部分 - 一系列調(diào)節(jié)因子,參與調(diào)節(jié)許多過程,包括胚胎發(fā)育,” Cavener教授說。
這種成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子途徑在控制發(fā)育中起著至關(guān)重要的作用,從胚胎的早期發(fā)育開始,并在長(zhǎng)頸鹿出生后延伸到骨骼生長(zhǎng)階段。
在人類和小鼠中,嚴(yán)重的骨骼和心血管缺陷與FGFRL1中的衰弱突變有關(guān)。
該團(tuán)隊(duì)還確定了四個(gè)同源框基因 - 涉及身體結(jié)構(gòu)發(fā)育的那種 - 已知指定脊柱和腿部的區(qū)域。
“這些同源盒基因和FGFRL1基因的變化相結(jié)合,可能為長(zhǎng)頸鹿的長(zhǎng)頸部和腿部的進(jìn)化提供了兩種必需的成分,”Cavener教授說。
研究小組還注意到一組調(diào)節(jié)新陳代謝和生長(zhǎng)的基因與霍加貓相比在長(zhǎng)頸鹿中發(fā)散。其中一種基因編碼葉酸受體,葉酸是正常生長(zhǎng)和發(fā)育所必需的必需B族維生素。
他們發(fā)現(xiàn)在長(zhǎng)頸鹿中發(fā)生顯著變化的其他代謝基因是那些參與通過攝入植物發(fā)酵產(chǎn)生的揮發(fā)性脂肪酸代謝的基因。
根據(jù)科學(xué)家的說法,長(zhǎng)頸鹿有不同尋常的金合歡葉和籽莢食物,它們營(yíng)養(yǎng)豐富,但對(duì)其他動(dòng)物也有毒。
Cavener教授及其同事推測(cè),長(zhǎng)頸鹿葉片的代謝基因可能已經(jīng)在長(zhǎng)頸鹿中進(jìn)化,以避免這種毒性。
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