螃蟹研究提倡一種更多峰的方法來定義細(xì)胞身份

神經(jīng)科學(xué)的一個(gè)長期目標(biāo)是根據(jù)大腦的功能將大腦的許多細(xì)胞分類為離散的類別。這些類別可以幫助研究人員了解最終導(dǎo)致行為和疾病的復(fù)雜神經(jīng)回路。但是，關(guān)于什么指標(biāo)應(yīng)該定義單元格的身份，人們幾乎沒有共識。

在一項(xiàng)新的研究中，一項(xiàng)在海洋生物實(shí)驗(yàn)室的神經(jīng)系統(tǒng)與行為(NS&B)課程中部分誕生的合作測試了一種觀念，即細(xì)胞的身份只能由其表達(dá)的基因來描述。該研究發(fā)表在《美國國家科學(xué)院院刊》上，提倡一種更為“多峰”的方法來定義細(xì)胞身份。

通過使用流行且強(qiáng)大的RNA測序技術(shù)，研究人員可以拍攝當(dāng)前細(xì)胞內(nèi)所有打開的基因的快照。但是，越來越明顯的是，此類策略可能無法提供完整的細(xì)胞特征圖或表示隨時(shí)間變化的能力。

NS&B講師Hans Hofmann，David Schulz和Eve Marder與他們的合作者一起對兩種基于RNA的流行方法進(jìn)行了測試：單細(xì)胞RNA測序和定量RT-PCR。他們將這些技術(shù)應(yīng)用于蟹癌的兩個(gè)神經(jīng)團(tuán)-胃胃和心臟神經(jīng)節(jié)-經(jīng)過深入研究，使他們能夠?qū)⒒赗NA的方法的結(jié)果與其他已知的細(xì)胞身份指標(biāo)進(jìn)行比較。

他們發(fā)現(xiàn)，由完整的RNA譜或“轉(zhuǎn)錄組”產(chǎn)生的細(xì)胞身份與他們經(jīng)過多年觀察已經(jīng)匯編的現(xiàn)有細(xì)胞身份不匹配。實(shí)際上，基于細(xì)胞的整個(gè)轉(zhuǎn)錄組對細(xì)胞進(jìn)行分類最終會產(chǎn)生“混亂的”身份。

然而，隨著研究人員進(jìn)一步完善對關(guān)鍵基因的選擇以輸入到他們的分析中，RNA譜開始更類似于從其他屬性(如神經(jīng)分布模式，形態(tài)和生理學(xué))收集的身份。因此，與單獨(dú)的RNA測序相比，這種多峰方法有可能揭示更準(zhǔn)確的細(xì)胞身份描述。

霍夫曼認(rèn)為，大多數(shù)研究都不會費(fèi)心用其他細(xì)胞身份指標(biāo)(如形態(tài)學(xué)和生理學(xué))來驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。他說：“細(xì)胞類型的分類和表征通常是在特定研究的背景下進(jìn)行的，而不是基于系統(tǒng)的方法。” “我們確實(shí)必須收集很多額外的數(shù)據(jù)，甚至跨物種，以得出可靠的細(xì)胞類型分類法。”

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