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      科學(xué)家通過新的公共數(shù)據(jù)庫將生物多樣性基因組學(xué)與博物館智慧聯(lián)
      
			
      
				2019-06-05 09:15:02
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      新的公開數(shù)據(jù)庫將對與生物樣本相關(guān)的元數(shù)據(jù)進(jìn)行編目，使研究人員更容易共享和重復(fù)使用遺傳數(shù)據(jù)進(jìn)行環(huán)境和生態(tài)分析。
      

      科學(xué)家通過新的公共數(shù)據(jù)庫將生物多樣性基因組學(xué)與博物館智慧聯(lián)
      

      該資源稱為基因組天文臺元數(shù)據(jù)庫(GeOMe)，由史密森尼國家自然歷史博物館的研究人員和其他八個(gè)博物館和研究機(jī)構(gòu)開發(fā)。它將公開可用的遺傳數(shù)據(jù)與收集樣本的地點(diǎn)和時(shí)間的記錄聯(lián)系起來，提供迄今為止從廣泛共享的數(shù)據(jù)庫中遺漏的背景信息。這些信息對于比較全球不同地區(qū)的生物多樣性并隨時(shí)間跟蹤它們至關(guān)重要。但是，盡管研究界需要更多的數(shù)據(jù)共享，但研究人員迄今為止缺乏使這些信息隨時(shí)可用的工具。
      

      該數(shù)據(jù)庫的開發(fā)人員于8月3日在PLOS Biology期刊上發(fā)表文章說，標(biāo)準(zhǔn)化和保存這些元數(shù)據(jù)將大大提高研究人員已經(jīng)收集的基因序列數(shù)據(jù)的價(jià)值。通過GeOMe，研究人員將能夠查找和訪問在世界任何地方的特定時(shí)間和地點(diǎn)收集的遺傳數(shù)據(jù)，使他們能夠提出有關(guān)地球上生命結(jié)構(gòu)和可持續(xù)性的重大問題。例如，他們可能會調(diào)查全球特定海拔高度的居民如何隨著地球氣候的變化而發(fā)生變化。
      

      “通過全球變化追蹤生物多樣性是一項(xiàng)合作努力，”國家自然歷史博物館的研究動物學(xué)家克里斯托弗邁耶說，他幫助領(lǐng)導(dǎo)了GeOMe的發(fā)展。“我們不能靠自己做.GeOMe將為未來推進(jìn)大數(shù)據(jù)和發(fā)現(xiàn)，使科學(xué)研究的總和遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過個(gè)別研究產(chǎn)品。”
      

      分析從海洋，淡水或陸地采集的生態(tài)樣本 - 無論是植物還是動物或整個(gè)微生物群落 - 的科學(xué)家都有自己的系統(tǒng)來跟蹤收集這些樣本的時(shí)間。但對于更廣泛的研究界而言，這些信息很難獲得，也無法全面搜索。GeOMe通過將樣本的時(shí)間，環(huán)境，地理空間和學(xué)術(shù)環(huán)境信息永久地鏈接到國家生物技術(shù)信息中心存儲的基因序列數(shù)據(jù)，提供了一種解決方案。
      

      邁耶說，他和他的同事們投入時(shí)間和資源來開發(fā)GeOMe，因?yàn)樗麄冎肋@將是加速發(fā)現(xiàn)的有力工具。作為博物館的科學(xué)家，他們認(rèn)識到跟蹤和保存信息的價(jià)值。梅耶說，作為獲取和傳播生物多樣性知識的領(lǐng)導(dǎo)者，國家自然歷史博物館發(fā)揮關(guān)鍵作用非常重要。
      

      GeOMe的開發(fā)人員，包括加利福尼亞州立大學(xué)蒙特利灣的Eric Crandall，夏威夷海洋生物學(xué)研究所的Michelle Gaither和伯克利自然歷史博物館的John Deck，都致力于確保資源易于使用和適應(yīng)廣泛的需求。他們說，隨著數(shù)據(jù)庫和工具包免費(fèi)供研究界使用，科學(xué)期刊現(xiàn)在可以要求作者以可搜索和標(biāo)準(zhǔn)化的格式提供元數(shù)據(jù)，就像他們長期為基因序列數(shù)據(jù)所做的那樣。
      

      重要的是，該團(tuán)隊(duì)指出，GeOMe中的數(shù)據(jù)將符合基因組標(biāo)準(zhǔn)聯(lián)盟和生物多樣性信息標(biāo)準(zhǔn)組織制定的標(biāo)準(zhǔn)，確保提交者捕獲并記錄每個(gè)樣本的相同基本信息。這些標(biāo)準(zhǔn)將確保將來研究人員能夠跨數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析。
      

      “[我們對生物多樣性的了解]是通過基因組數(shù)據(jù)編寫的 - 但數(shù)據(jù)并不意味著什么，除非你能把它放在上下文中，”邁耶說。“如果我們現(xiàn)在不開始實(shí)施這樣的工具，那么我們的數(shù)據(jù)永遠(yuǎn)不會有用。”
      
			

			
        
      
			
      
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