新工具篩選微衛(wèi)星突變的癌癥序列

兩個新的計算工具M(jìn)SMuTect和MSMutSig可以幫助揭示常見DNA特征中稱為微衛(wèi)星的突變在癌癥中的出現(xiàn)頻率和貢獻(xiàn)。

微衛(wèi)星 - 長的短DNA重復(fù)片段，例如TCGTCGTCG或ACACAC，在整個基因組中，在基因內(nèi)外都是常見的。研究人員將微衛(wèi)星中遺傳的插入和缺失突變(也稱為“插入缺失”)與40多種遺傳性疾病聯(lián)系起來，臨床實驗室常規(guī)檢測某些癌癥中的自發(fā)性或后天性(也稱為體細(xì)胞)插入缺失。然而，技術(shù)挑戰(zhàn)阻礙了使用基因組測序系統(tǒng)地編目癌癥相關(guān)的體細(xì)胞微衛(wèi)星插入突變的努力。

在Nature Biotechnology，由Broad Institute癌癥基因組計算分析小組和麻省總醫(yī)院癌癥研究中心和病理學(xué)系的Yosef Maruvka和Gad Getz領(lǐng)導(dǎo)的研究小組揭示了兩種用于檢測腫瘤細(xì)胞測序數(shù)據(jù)中微衛(wèi)星插入缺失的計算工具。。這些工具被稱為MSMuTect和MSMutSig，它們分別使用統(tǒng)計方法a)識別微衛(wèi)星插入缺失，以及b)突出顯示比偶然預(yù)期更多的基因。

Maruvka，Getz和他們的合作者使用來自6,747個腫瘤的全外顯子組序列數(shù)據(jù)測試了這些工具 - 代表了由癌癥基因組圖譜分析的20種癌癥和匹配的正常組織。這兩個工具揭示了超過1,000個先前未描述的體細(xì)微衛(wèi)星插入缺失，以及七個基因中潛在的癌癥促進(jìn)插入“熱點(diǎn)”，其中三個基因以前沒有被認(rèn)為是癌癥驅(qū)動因素。

此外，研究小組發(fā)現(xiàn)，使用MSMuTect，他們可以根據(jù)微衛(wèi)星不穩(wěn)定性水平(即腫瘤發(fā)展微衛(wèi)星插管的傾向)正確分類腫瘤 - 具有潛在的臨床重要性。

MSMutTect和MSMutSig增加了由Getz及其同事開發(fā)的大型且仍在增長的序列分析工具包，用于檢測和描述癌癥序列數(shù)據(jù)中的體細(xì)胞突變和其他變異，包括原始MutSig和MuTect(用于表征點(diǎn)突變)，MutSigCV(其中)結(jié)合基因表達(dá)和其他數(shù)據(jù)以增加MutSig的準(zhǔn)確性)，絕對(用于測量腫瘤樣本的純度和尋找染色體異常數(shù)量的證據(jù))和GISTIC(用于追蹤具有顯著拷貝數(shù)改變的基因組區(qū)域)。

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