我們?nèi)绾蜗嚓P(guān)比較容易找到基因家族的工作流程

在GigaScience上發(fā)布的開源Galaxy工作流程使研究人員能夠更輕松地找到基因家族;在分析物種間基因的進化，結(jié)構(gòu)和功能時，這是一個重要的工具。

共同作者Wilfried Haerty解釋了為什么這個工具對生物學(xué)家如此有用：“Earlham研究所開發(fā)的軟件使科學(xué)家能夠使用靈活且可重復(fù)的管道研究感興趣的物種。我們的工作流程的性能評估了脊椎動物的基因組組件。各種品質(zhì)(鴨嘴獸，豬，馬，狗，老鼠和人)。選擇該物種來評估基因組質(zhì)量對基因家族鑒定的影響。小鼠，狗和人類基因組具有高質(zhì)量，而其他三個是不同的分析完成階段。“

基于并擴展Ensembl現(xiàn)有的EnsemblCompara Gene Trees管道，GeneSeqToFamily工作流程刪除了該過程的許多復(fù)雜先決條件，例如必須使用命令行安裝大量單獨的工具，將整個過程轉(zhuǎn)換為Galaxy;一個更簡單的平臺。

重要的是，工作流程可高度自定義，允許用戶選擇參數(shù)，更改工具并在自己的基因上運行軟件，而無需使用Ensembl數(shù)據(jù)庫。

GeneSeqToFamily不僅僅是一個工作流程，還包含許多新的獨立Galaxy工具，包括TreeBeST，hcluster_sg，T-Coffee和ETE。該軟件由數(shù)據(jù)基礎(chǔ)設(shè)施集團的Anil Thanki和Nicola Soranzo在EI開發(fā)，使用一系列開放平臺和數(shù)據(jù)庫，可以更輕松地查找和生成系統(tǒng)發(fā)育樹?？茖W(xué)程序員Anil Thanki說：“我們很高興將我們的工作放在開放領(lǐng)域，它允許生物學(xué)家和生物信息學(xué)家在一個簡單的圖形用戶界面中使用Ensembl Compara GeneTrees Pipeline，并在需要時對其進行修改。”

該團隊希望新工作流程能夠幫助不熟悉使用Compara的復(fù)雜性的用戶能夠更輕松地分析系統(tǒng)發(fā)育數(shù)據(jù)集，同時在一個Galaxy工作流程中整理許多有用的基因家族工具。用戶可以選擇現(xiàn)有的Ensembl數(shù)據(jù)庫作為分析的參考集，也可以提供相同格式的數(shù)據(jù)，并提供可以提供幫助的工具。

Earlham Institute致力于提供支持，支持和開發(fā)計算生物學(xué)和生命科學(xué)研究的工具和算法，Galaxy等項目幫助開放獲取一系列科學(xué)工具和數(shù)據(jù)庫。

由Rob Davey博士領(lǐng)導(dǎo)的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)設(shè)施小組也支持CyVerse UK和COPO等資源，與Galaxy一起，通過EI的國家能力，將計算資源的可用性和可用性擴展到英國和國際上更廣泛的科學(xué)界。 -Infrastructure。

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