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      研究人員對農場進行基因組測序以幫助改變生活
      
			
      
				2019-03-16 09:55:27
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      在世界范圍內，包括奧塔哥大學研究員在內的國際科學家利用全基因組測序技術幫助診斷破壞非洲農場作物的植物病原體，為預防非洲經濟至關重要的作物失敗鋪平了道路。奧塔哥大學解剖學系高級研究員Jo-Ann Stanton博士幫助開發(fā)了PDQeX，這是兩種原型技術之一，可以在偏遠的非洲農場進行全基因組測序。
      

      研究人員對農場進行基因組測序以幫助改變生活
      

      “這項成就為快速準確的病原體鑒定開辟了道路，允許立即采取糾正措施以防止作物失敗，”Stanton博士解釋說。她說：“對于東非自給自足的農民來說，這是食物與收入或饑餓之間的區(qū)別。”“作物歉收意味著糧食安全的喪失，學費，供應，農場改良或維護無收入。”
      

      該團隊包括來自坦桑尼亞Mikocheni農業(yè)研究??所，烏干達國家作物資源研究所，肯尼亞Jomo Kenyatta農業(yè)技術大學和西澳大利亞大學的科學家，在“木薯病毒行動項目”下與木薯種植者合作三個國家：坦桑尼亞，烏干達和肯尼亞。
      

      木薯是一種生長面粉和類似于馬鈴薯的淀粉類蔬菜的熱帶樹木的塊根，受到病毒病原體的攻擊，這些病原體會減少或破壞作物。受病毒威脅不斷增長影響的農民依靠木薯作為主要食物來源和年收入。
      

      斯坦頓博士說：“全球有8億人依靠木薯作為其主要的卡路里來源，病毒傳播是一個重大的全球威脅。”
      

      作為一名研究人員，她的愿景是將復雜的分子診斷從實驗室?guī)У椒菍＜沂种?，以便對現實生活中的情況做出快速，準確和具有成本效益的反應。這個項目正是如此。
      

      使用手持式分子診斷設備，Stanton博士和該團隊已經能夠在農場進行全基因組測序。來自新西蘭公司ZyGEM的允許現場DNA提取的裝置(PDQeX)與英國公司Oxford Nanopore制造的MinIT堿基調用小型超級計算機一起使用。
      

      將這些技術與便攜式DNA測序儀MinION結合使用，可以在農場中選擇葉，莖或昆蟲樣品，準備DNA進行測序，然后將原始數據轉換為DNA序列讀數以進行數據解釋，所有這些都是真實的時間。
      

      Stanton博士表示，從采樣到診斷結果，整個過程不到四個小時，所有設備都是在農場戶外工作的電池上運行。
      

      她說，該項目不僅對非洲農民有重大影響。
      

      “在更廣泛的層面上，這一突破在人類和動物健康，環(huán)境管理和保護領域都有應用。
      

      “隨著人類活動的全球化加速，對準確，快速和現場診斷的需求也在增長。”
      
			

			
        
      
			
      
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