研究人員試圖治愈受有害真菌影響的蔬菜
黃瓜,西瓜,南瓜和哈密瓜等作物受到真菌Pseudoperonospora humuli和Pseudoperonospora cubensis的影響,兩者都會(huì)產(chǎn)生霜霉病?,F(xiàn)在,生物信息學(xué)技術(shù)可以識(shí)別那些病原體的基因,以確定理想的治療方法。
研究人員希望在基因組水平上了解這些真菌之間的差異。在北卡羅來納州立大學(xué)工作的植物生物技術(shù)專家Elsa Gongora Castillo博士說,如果基因在一種真菌中表達(dá)而在另一種真菌中不表達(dá),那么它們就可以作為這些作物中適當(dāng)處理的標(biāo)記。
她進(jìn)行計(jì)算機(jī)分析,以確定影響葫蘆科植物科(黃瓜,南瓜,哈密??瓜,西瓜)的真菌。“它有點(diǎn)像人類疾病,但在植物中要了解病原體及其與植物的相互作用,可以開發(fā)出治療受影響植物的功能性治療方法,”植物基因組學(xué)專家說。
研究人員解釋說,她尋求為黃瓜,南瓜,哈密瓜和西瓜定義除常規(guī)殺菌劑之外的替代系統(tǒng)。
影響這些植物的霜霉病是由真菌感染引起的; 因此,研究旨在分析他們的差異。首先,收集來自這些植物的葉子樣品用于體外培養(yǎng)以分離真菌; 然后提取真菌的DNA和RNA用于測(cè)序,并且通過生物信息學(xué)分析,研究人員可以確定一個(gè)物種的基因組中基因的存在與否。
“通過病原體的序列,我識(shí)別基因及其表達(dá)水平;換句話說,為了研究基因,我比較了其中兩個(gè) - 在這種情況下,來自Pseudoperonospora cubensis的基因?qū)筆seudoperonospora humuli。我看到有多少序列P. cubensis的一個(gè)特定基因和同一個(gè)基因P. humuli有多少個(gè);如果序列數(shù)存在差異,我們說該基因是表達(dá)或抑制的;或者如果基因存在與否基因組,“貢戈拉說。
目前,正在證實(shí)從計(jì)算機(jī)分析中獲得的實(shí)驗(yàn)室結(jié)果,研究小組力求使美國(guó)農(nóng)民及其作物受益。該分析將有助于研究模型,以便了解其他大規(guī)?,F(xiàn)象。
“我們的模型可以在墨西哥的其他地方復(fù)制。但我認(rèn)為需要大量的科學(xué)投入才能扭轉(zhuǎn)局面,尤其是工業(yè)與科學(xué)之間的緊密聯(lián)系,”貢戈拉說。
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