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      宏基因組的計(jì)算方法基準(zhǔn)
      
			
      
				2018-12-29 10:31:35
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      它們無處不在，但肉眼看不見。微生物是碳循環(huán)等關(guān)鍵環(huán)境過程監(jiān)管背后看不見的有影響力的力量，但其中大部分仍然未知。十多年來，美國(guó)能源部聯(lián)合基因組研究所(DOE JGI)，DOE科學(xué)用戶設(shè)施辦公室，一直致力于研究人員使用最先進(jìn)的技術(shù)研究無法在實(shí)驗(yàn)室中生長(zhǎng)的未培養(yǎng)微生物。諸如環(huán)境群落的高通量基因組測(cè)序(“宏基因組學(xué)”)和開發(fā)計(jì)算工具以發(fā)現(xiàn)和表征環(huán)境中的微生物群落等方法。要解決將宏基因組聚集成一組重疊的DNA片段，這些片段一起代表DNA或重疊群的共有區(qū)域，然后將這些重疊群合并到基因組區(qū)域中，
      

      宏基因組的計(jì)算方法基準(zhǔn)
      

      2017年10月2日發(fā)表在 Nature Methods上的一個(gè)團(tuán)隊(duì)，包括DOE JGI研究人員描述了宏基因組解釋關(guān)鍵評(píng)估(CAMI)挑戰(zhàn)的結(jié)果，這是有史以來第一次，社區(qū)組織的宏基因組計(jì)算工具基準(zhǔn)評(píng)估。該部長(zhǎng)會(huì)議挑戰(zhàn)是由亞歷山大Sczyrba，在比勒費(fèi)爾德大學(xué)的計(jì)算宏基因組的頭，前身為DOE JGI博士后研究員，愛麗絲McHardy，感染研究實(shí)驗(yàn)室的亥姆霍茲中心的計(jì)算生物學(xué)感染研究率領(lǐng)。
      

      “研究人員很難根據(jù)方法論文的結(jié)果找出用于特定數(shù)據(jù)集和分析的程序，”McHardy說。“評(píng)估中使用的數(shù)據(jù)集和評(píng)估措施差異很大。另一個(gè)問題是開發(fā)人員在評(píng)估新軟件的性能時(shí)通常會(huì)花費(fèi)大量時(shí)間對(duì)最新技術(shù)進(jìn)行基準(zhǔn)測(cè)試。CAMI希望改變這些事情，讓社區(qū)參與定義評(píng)估的標(biāo)準(zhǔn)和最佳實(shí)踐，并將這些原則應(yīng)用于基準(zhǔn)挑戰(zhàn)中。“
      

      “JGI對(duì)工具和技術(shù)的基準(zhǔn)測(cè)試非常感興趣，這些工具和技術(shù)將推動(dòng)宏基因組的分析，并提高我們?yōu)橛脩籼峁┑臄?shù)據(jù)質(zhì)量。在JGI 發(fā)布了關(guān)于使用模擬數(shù)據(jù)集進(jìn)行宏基因組學(xué)工具基準(zhǔn)測(cè)試的第一項(xiàng)研究之后，很高興看到這種方法多年來如何擴(kuò)展，現(xiàn)在通過這項(xiàng)研究，逐漸演變?yōu)闃?biāo)準(zhǔn)化社區(qū)工作的模型。野外，“ 能源部JGI原核生物超級(jí)計(jì)劃主管Nikos Kyrpides說。
      

      DOE JGI微生物基因組學(xué)負(fù)責(zé)人Tanja Woyke補(bǔ)充說：“JGI不僅在實(shí)驗(yàn)室協(xié)議的基準(zhǔn)測(cè)試中，而且還在計(jì)算工作流程中。” “這使我們參與像CAMI這樣重要的社區(qū)工作非常重要。”
      

      有40多個(gè)團(tuán)隊(duì)報(bào)名參加挑戰(zhàn)賽，CAMI組織者收到了來自全球25個(gè)項(xiàng)目的215份提交，但只有17個(gè)團(tuán)隊(duì)愿意發(fā)布他們的軟件實(shí)施。CAMI組織者評(píng)估了3個(gè)類別的計(jì)算工具。在組裝由短讀序列技術(shù)產(chǎn)生的基因組序列上評(píng)估了六個(gè)裝配器和裝配管道。在分箱挑戰(zhàn)中，根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)評(píng)估了五個(gè)基因組結(jié)合物和4個(gè)分類學(xué)結(jié)合物，包括工具在恢復(fù)個(gè)體基因組方面的功效。最后，評(píng)估了10個(gè)具有不同參數(shù)設(shè)置的分類學(xué)分析器，以評(píng)估它們?nèi)绾晤A(yù)測(cè)微生物和環(huán)狀元素的身份和相對(duì)豐度。
      
			

			
        
      
			
      
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