NIH臨床研究人員將在未來十年內(nèi)在許多臨床研究領(lǐng)域使用基因組數(shù)據(jù)，美國國立衛(wèi)生研究院(NIH)內(nèi)部研究副主任Michael M. Gottesman博士表示。為了實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo)，他正在支持一項名為臨床中心基因組學(xué)機(jī)會(CCGO)的為期兩年的新計劃。

“我們正試圖啟動基因組醫(yī)學(xué)，”Gottesman博士說。“我們首先需要建立一個臨床基因組測序基礎(chǔ)設(shè)施，供研究人員在NIH臨床中心的項目中使用。”

CCGO計劃將承?？偣?,000個外顯子組的DNA測序和分析，這些外顯子組是功能上重要的1-2%的個體基因組編碼蛋白質(zhì)。到目前為止，NIH校內(nèi)計劃中只有少數(shù)臨床研究項目包括外顯子組測序。相反，他們依賴于臨床可觀察或表型信息以及特定候選基因的靶向測序，這些基因通常由該表型信息提示。

“這就好像我們錯過了一個完整的維度，就像生活在平坦的土地上，并希望第三個維度能夠駕馭你正在研究的疾病的景觀，”Gottesman博士說。他認(rèn)為，可觀察和基因組數(shù)據(jù)的結(jié)合對于了解人類健康和改善疾病的預(yù)防，診斷和治療非常有價值。

NIH以其杰出的臨床設(shè)施而聞名，科學(xué)家們研究了大約600種不同的疾病。通過增加CCGO計劃，這些設(shè)施將變得更好。該項目將于今年夏天開始，將由審查委員會選擇的項目開始，這些項目將充分利用NIH臨床中心的表型資源 - 成像，詳細(xì)記錄患者的生理變化以及疾病的醫(yī)療后果注釋。成功申請者將獲得50-300個源自患者樣本的外顯子組序列。樣本將在NIH臨床中心收集，并在NIH Intramural Sequencing Center進(jìn)行測序，該中心是由國家人類基因組研究所(NHGRI)運(yùn)營的高通量新一代測序?qū)Ｓ迷O(shè)施。

“該倡議將幫助研究人員利用基因組技術(shù)和開發(fā)能力來處理來自臨床研究患者的基因組數(shù)據(jù)，”NHGRI醫(yī)學(xué)基因組學(xué)和代謝遺傳學(xué)分會主任，NHGRI校內(nèi)研究計劃和早期采用者Leslie Biesecker博士說。美國國立衛(wèi)生研究院臨床基因組學(xué)研究。“NIH研究人員將推進(jìn)他們自己的研究，CCGO將開發(fā)臨床中心內(nèi)的基礎(chǔ)設(shè)施和管道，以開始在臨床環(huán)境中管理基因組數(shù)據(jù)。”

“我們正在努力建立基礎(chǔ)設(shè)施并將基因組方法應(yīng)用于許多不同的臨床研究挑戰(zhàn)，”NHGRI科學(xué)主任Daniel Kastner博士說。“CCGO是為這條管道奠定基礎(chǔ)的一種方式。”

由Drs提議。新項目Biesecker和Kastner得到了美國國立衛(wèi)生研究院內(nèi)部研究副主任和NIH臨床中心的熱情支持。

美國國立衛(wèi)生研究院臨床中心主任John I. Gallin博士說：“美國國立衛(wèi)生研究院臨床中心是世界上對疾病表型和罕見和罕見疾病的自然病史進(jìn)行詳細(xì)描述的最佳地點(diǎn)。”該計劃將利用基因組學(xué)來幫助我們解決其他不可解決的問題，并在更短的時間內(nèi)得到答案。這是一個巨大的資源協(xié)同作用和一個重要的項目，將轉(zhuǎn)變我們對疾病預(yù)防的重視。“

“毫無疑問，外顯子組和基因組可用于找出許多不同類型疾病的遺傳原因，”Biesecker博士說。“我們也知道基因組數(shù)據(jù)可用于增強(qiáng)醫(yī)療保健，我們想弄清楚如何充分利用這些數(shù)據(jù)。”

在美國國立衛(wèi)生研究院，許多試點(diǎn)項目為研究人員提供了對臨床基因組學(xué)的機(jī)遇和挑戰(zhàn)的見解。例如，Biesecker博士在ClinSeq®中使用外顯子組測序，該研究將個體的外顯子組和基因組數(shù)據(jù)與其家族健康史進(jìn)行比較。ClinSeq研究于2007年啟動，可以擴(kuò)展以探索各種疾病的分子基礎(chǔ)。同樣的，

雖然NIH的校內(nèi)研究人員使用各種基因組技術(shù)，但并非所有想要訪問基因組工具或基礎(chǔ)設(shè)施的人都有機(jī)會預(yù)算使用這些工具。CCGO將改變這一點(diǎn)。它將邀請參加NIH臨床中心的研究所的主要研究人員申請，他們具有遺傳學(xué)知識，但目前沒有臨床基因組學(xué)的主要研究項目。

通過CCGO進(jìn)行的外顯子組測序的成本將由NIH校內(nèi)研究辦公室管理的挑戰(zhàn)創(chuàng)新獎計劃的資金組合抵消，NIH校內(nèi)測序中心的排序折扣，NHGRI對偶然發(fā)現(xiàn)分析的臨床支持和咨詢和NIH臨床中心樣品處理和信息學(xué)。CCGO還將利用參與機(jī)構(gòu)內(nèi)的臨床，科學(xué)和生物信息學(xué)資源。

就其本身而言，NIH校內(nèi)測序中心(NISC)將根據(jù)聯(lián)邦臨床實(shí)驗(yàn)室改進(jìn)修正案(CLIA)尋求其實(shí)驗(yàn)室程序的認(rèn)證，該修正案為實(shí)驗(yàn)室過程設(shè)定質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)，從而產(chǎn)生返回給患者的結(jié)果。此外，NISC人員將幫助校內(nèi)研究人員準(zhǔn)備數(shù)據(jù)文件以提交至基因型和表型數(shù)據(jù)庫，或dbGaP，其存儲和管理對醫(yī)學(xué)研究數(shù)據(jù)的訪問。

“NISC的貢獻(xiàn)是我們的實(shí)驗(yàn)室人才，測序機(jī)器時間，計算分析以及我們多年來對外顯子組數(shù)據(jù)的基因組學(xué)專業(yè)知識，”NISC 癌癥遺傳學(xué)和比較基因組研究員兼副研究員Jim Mullikin博士說。NHGRI內(nèi)部研究計劃的分支。“我們很高興能夠擴(kuò)大NIH對基因組測序和分析的訪問。這就是醫(yī)療保健的方式，NHGRI應(yīng)該繼續(xù)處于這項研究的最前沿。”

Mullikin博士描述了與測序相關(guān)的成本急劇下降 - 從五年前的每個外顯子組10,000美元到三年前NISC開始提供外顯子組測序時的3,000美元。目前的成本為600美元，僅包括用于DNA測序的化學(xué)試劑的成本。NHGRI正在捐贈基礎(chǔ)設(shè)施和員工排序的其他費(fèi)用。美國只有少數(shù)幾家醫(yī)院系統(tǒng)開始在臨床護(hù)理中使用基因組測序。NIH臨床研究人員將成為臨床基因組學(xué)的先鋒。

“我們希望臨床中心處于個性化基因組醫(yī)學(xué)的最前沿，”Biesecker博士說。“使用外顯子組數(shù)據(jù)是在這一領(lǐng)域獲得發(fā)展并開發(fā)這些能力的方法。然后臨床中心的基因組醫(yī)學(xué)實(shí)踐可以隨著時間的推移而發(fā)展，這樣它對于研究人員和患者來說變得更加普遍和更有用。 “。

“在未來的某個時候，我想我們將對所有人進(jìn)行測序 - 可能是完整的全基因組測序，”Gottesman博士說。“但我們需要從這里學(xué)到很多東西。”