CRISPR引導的鄰近標記解剖基因轉(zhuǎn)錄的蛋白質(zhì)組學編排
比以前的方法更強大,從細胞中標記和收獲DNA相關(guān)蛋白的新方法可以打開對轉(zhuǎn)錄控制的更深入的見解?;蜣D(zhuǎn)錄需要一個復雜的分子編排技巧,其中許多蛋白質(zhì)在正確的時間在正確的地方聚集在一起。分離,鑒定和研究這些蛋白質(zhì)同樣復雜,并且現(xiàn)有的這樣做的方法雖然強大,但具有限制其效用的限制。
例如,廣泛使用的染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP)方法依賴于從細胞中捕獲蛋白質(zhì)的抗體。因此,它只能找到一種蛋白質(zhì),其中一種蛋白質(zhì)具有高質(zhì)量的特異性抗體,并且假定某種蛋白質(zhì)可能存在于給定基因附近,從而遺漏了人們可能不期望的蛋白質(zhì)。
在自然方法方面,由Broad工作人員科學家Sam Myers,Broad蛋白質(zhì)組學平臺主任和研究所科學家Steven Carr以及Broad核心研究所成員Feng Zhang領(lǐng)導的團隊揭示了一種新的,無偏見的方法來捕獲有助于表達目的基因的蛋白質(zhì),這依賴于CRISPR-Cas9基因組編輯系統(tǒng)的鈍化版本。被稱為GLoPro(用于基因組基因座蛋白質(zhì)組學),該方法提供了更全面的視圖,了解哪些蛋白質(zhì)管理給定基因的表達,這些知識可以幫助揭示其功能及其在細胞電路中的位置的見解。
GLoPro依賴于催化惰性(或“死”)形式的Cas9蛋白(dCas9)與稱為APEX2的酶的工程化版本融合。使用指導RNA,融合蛋白 - 稱為CASPEX-以典型的CRISPR方式進入基因組中的所需位點。然而,CASPEX并沒有削減DNA,而是命令任何與生物素接近的蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組。然后,研究人員可以使用這種化學標簽收集標記的蛋白質(zhì),用于基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學分析。
在他們的論文中,研究小組表明,在細胞系中,他們可以標記,捕獲和分析與hTERT和MYC基因啟動子結(jié)合的蛋白質(zhì)。與其他蛋白質(zhì)分離方法相比,GLoPro證明了它是一種有效且可能通用的方法,用于在基因組中的任何位置附近標記蛋白質(zhì)。
該團隊繼續(xù)探索GLoPro如何成為獲取更全面的基因轉(zhuǎn)錄協(xié)調(diào)見解的工具。
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