病毒捎帶宿主微生物的成功
在珊瑚礁周?chē)畈l(fā)展的微觀生活中,圣地亞哥州立大學(xué)的研究人員發(fā)現(xiàn)病毒和微生物之間的相互作用違背了傳統(tǒng)智慧。隨著生態(tài)系統(tǒng)中微生物密度的增加,感染這些微生物的病毒數(shù)量隨之增加。人們普遍認(rèn)為,這種不斷增長(zhǎng)的病毒群體會(huì)殺死越來(lái)越多的微生物,從而控制微生物種群。這是一個(gè)被稱(chēng)為“殺死勝利者”的模型 - 獲勝者是開(kāi)花的微生物細(xì)胞,殺手是病毒(主要是殺菌的病毒,稱(chēng)為噬菌體),它們會(huì)感染它們。
然而,最近由SDSU病毒學(xué)家領(lǐng)導(dǎo)的珊瑚礁附近的病毒 - 宿主動(dòng)態(tài)研究表明,在某些條件下,病毒可以改變其感染策略。隨著潛在的宿主微生物變得越來(lái)越多,一些病毒放棄了快速?gòu)?fù)制,并選擇在其宿主內(nèi)安靜地居住,從而減少了病毒的數(shù)量。在今天發(fā)表在“ 自然 ”雜志上的一項(xiàng)研究中,研究人員將這種替代模型稱(chēng)為“背馱式獲勝者”,它可能對(duì)面向基于噬菌體的醫(yī)學(xué)和生態(tài)系統(tǒng)恢復(fù)能力產(chǎn)生影響,面對(duì)促進(jìn)微生物繁殖的環(huán)境干擾。
微生物種群爆炸可以采取多種形式 - 海洋和湖泊中的藻類(lèi)大量繁殖,土壤中的真菌枯萎和人類(lèi)細(xì)菌感染只是其中的幾個(gè)例子 - 病毒對(duì)這種快速微生物生長(zhǎng)的反應(yīng)長(zhǎng)期以來(lái)一直令生態(tài)學(xué)家感興趣。許多病毒可以在快速?gòu)?fù)制和休眠共存之間切換。幾十年來(lái),大多數(shù)研究人員都認(rèn)為,在微生物種群繁盛期間,它們的病毒利用機(jī)會(huì)通過(guò)殺死豐富的微生物獲勝者而成倍增加。
“殺死勝利者似乎有道理,”SDSU的病毒生態(tài)學(xué)家,該研究的主要作者Ben Knowles說(shuō)。“它背后的邏輯已經(jīng)存在了一段時(shí)間。推理非常誘人。”
Knowles,以及該研究的其他主要作者,SDSU博士后研究員Cynthia Silveira,以及從數(shù)學(xué),物理和統(tǒng)計(jì)學(xué)到生態(tài)學(xué)和分子生物學(xué)等專(zhuān)業(yè)領(lǐng)域的合作者國(guó)際團(tuán)隊(duì)決定對(duì)此模型進(jìn)行測(cè)試。他們收集了太平洋和大西洋珊瑚礁附近的富含微生物的海水樣本。然后,他們結(jié)合使用顯微技術(shù)和基因組技術(shù),分析了這些樣本中微生物和感染它們的病毒的豐度和性質(zhì)。
在殺死獲勝者模型下,研究人員希望在具有高微生物密度和生長(zhǎng)速率的樣本中發(fā)現(xiàn)每種微生物更多的病毒。然而,諾爾斯及其團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)的恰恰相反:隨著微生物豐度的增加,病毒與微生物的比例顯著下降。
接下來(lái),諾爾斯和他的團(tuán)隊(duì)進(jìn)行了一項(xiàng)實(shí)驗(yàn),他們將原始珊瑚礁位置和圣地亞哥Mission灣的海水孵化了幾天,在此期間他們監(jiān)測(cè)病毒和微生物的豐度。結(jié)果與他們的田間采樣相匹配,即使微生物種群開(kāi)花,病毒數(shù)量也保持相對(duì)較低。
為什么病毒不會(huì)通過(guò)感染它們并快速繁殖來(lái)利用不斷增加的宿主群體?他們?yōu)槭裁床粴⑺绖倮?進(jìn)一步探索這一現(xiàn)象,研究人員使用宏基因組分析來(lái)確定樣本中的病毒是否表現(xiàn)出毒性,捕食性狀或非掠奪性生活方式的標(biāo)志。有趣的是,他們發(fā)現(xiàn)在微生物數(shù)量較高的樣本中,病毒群落的毒力較小。
而不是繁殖和殺死他們蓬勃發(fā)展的宿主群體,而是更多的病毒將自己整合到他們的宿主中。病毒的復(fù)制速度更慢,但它們也避免與其他病毒競(jìng)爭(zhēng),并且必須使用宿主自身的免疫防御系統(tǒng)。研究人員表示,這種背負(fù)式獲勝者模型能更好地解釋微生物快速生長(zhǎng)過(guò)程中的病毒 - 宿主動(dòng)態(tài),而不是已建立的殺死獲勝者模型。
“如果你有一個(gè)快速增長(zhǎng)的主機(jī),如果你是病毒,你可以從整合中獲得更多利益,”諾爾斯說(shuō)。“這只是智能寄生。”
更好地了解這些動(dòng)態(tài)有望改善人類(lèi)健康。例如,已經(jīng)提出特別靶向的噬菌體作為囊性纖維化等病癥的可能療法,囊性纖維化是由頻繁的細(xì)菌性肺部感染引起的。這一發(fā)現(xiàn)還有助于提高海洋生態(tài)學(xué)家對(duì)影響珊瑚礁健康的微生物力量的認(rèn)識(shí)。
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