計(jì)算機(jī)模型研究基因表達(dá)

基因回路是基因簇，可以通過稱為轉(zhuǎn)錄因子的蛋白質(zhì)影響彼此的表達(dá)。在構(gòu)成這種基因回路的基因的蛋白質(zhì)合成過程中涉及的大量未知反應(yīng)參數(shù)使得可用的基于計(jì)算機(jī)的模型難以模擬該過程。

來自沙特阿拉伯Thuwal的King Abdullah科技大學(xué)(KAUST)和美國德克薩斯A&M大學(xué)的一組研究人員提出了一種新的模型來估計(jì)這些反應(yīng)參數(shù)，以幫助繪制基因電路圖，發(fā)布他們的結(jié)果生物信息學(xué)。

該模型被稱為分解和積分參數(shù)估計(jì)(PEDI)，專門用于基因電路，而不是大多數(shù)其他參數(shù)估計(jì)模型，它們產(chǎn)生更通用的結(jié)果。

為了測試該模型，該團(tuán)隊(duì)將計(jì)算機(jī)生成的mRNA數(shù)據(jù)從許多物種共有的三個(gè)基因電路輸入到PEDI和其他已有的參數(shù)估計(jì)模型中，以比較輸出。PEDI在準(zhǔn)確度上優(yōu)于其他類似的現(xiàn)有方法，誤差比其他模型產(chǎn)生的最佳參數(shù)解決方案低至少30%。

為了針對實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)測試模型，他們使用來自酵母的mRNA數(shù)據(jù)。PEDI的結(jié)果與實(shí)驗(yàn)結(jié)果非常相似。

“這種新模型可以加速基因調(diào)控系統(tǒng)的逆向工程，整合計(jì)算模型和實(shí)驗(yàn)研究，以更好地了解生物系統(tǒng)，”該研究的主要研究者辛高說。

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