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      用于繪制疾病爆發(fā)基因組學(xué)的軟件
      
			
      
				2018-12-06 14:32:54
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      新的桌面應(yīng)用程序可以實(shí)時(shí)顯示病原體群體的基因組數(shù)據(jù)。該軟件稱為SVAMP(序列變異分析，圖譜和系統(tǒng)發(fā)育)，可以根據(jù)原產(chǎn)國(guó)創(chuàng)建帶有顏色編碼分離株的圖譜，并繪制寄生蟲(chóng)的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)圖。
      

      “只要對(duì)爆發(fā)的樣本進(jìn)行測(cè)序，并且在映射到參考基因組后得到的數(shù)據(jù)可供軟件使用，該軟件可用于調(diào)查爆發(fā)，”阿卜杜拉國(guó)王科技大學(xué)的Arnab Pain說(shuō)。沙特阿拉伯和該研究的高級(jí)合著者發(fā)表在Bioinformatics1期刊上。
      

      用于繪制疾病爆發(fā)基因組學(xué)的軟件
      

      該程序使用兩個(gè)先前公布的耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(MRSA)細(xì)菌和瘧疾寄生蟲(chóng)惡性瘧原蟲(chóng)的數(shù)據(jù)集進(jìn)行測(cè)試。MRSA數(shù)據(jù)包含來(lái)自15個(gè)國(guó)家的63個(gè)MRSA分離株，而瘧疾寄生蟲(chóng)數(shù)據(jù)包括來(lái)自非洲，東南亞和巴布亞新幾內(nèi)亞的245個(gè)樣本。
      

      研究人員表示，它可用于研究環(huán)境中病原體的自然發(fā)生的基因突變，種群結(jié)構(gòu)和地理變異。該軟件能夠在20秒內(nèi)構(gòu)建63個(gè)MRSA分離株的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。
      
			

			
        
      
			
      
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