研究描述了初始基線健康腸道微生物組數(shù)據(jù)庫和豐度概況

2019年9月11日在美國喬治華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)中心的Charles Hadley King的開放獲取期刊PLOS ONE及其同事發(fā)表的一項研究中描述了初始基線健康腸道微生物組數(shù)據(jù)庫和豐度概況。

本研究中所有微生物群類群的系統(tǒng)發(fā)育組成的堆積條形在糞便樣本的糞便水平上崩潰。綠色條代表厚壁菌門，藍色代表Bacteroidetes，兩個最豐富的細菌家族。出于美學(xué)目的，樣品(n = 98，底部)根據(jù)它們的擬桿菌和厚壁菌的組成進行分類，以證明本研究的基線腸道微生物組結(jié)果如何與過去研究的結(jié)果一起使用。圖片來源：King等，2019年

盡管人類腸道微生物組對整體健康的重要性的研究興趣持續(xù)增長，但目前還沒有針對研究人員和患者的全面的腸道微生物組參考列表。在這項研究中，King及其同事開始對健康人體腸道微生物組的有機構(gòu)成進行編目，并為臨床醫(yī)生開發(fā)了一個原型報告模板，以便將結(jié)果傳遞給患者。

為了編制他們的數(shù)據(jù)庫，作者對來自華盛頓特區(qū)喬治華盛頓大學(xué)校園招募的16名健康參與者的48份糞便樣本進行了遺傳測序，此外還使用了從人類微生物組項目下載的50個糞便宏基因組樣本，這些樣本被篩選為“健康”。

在使用基于軟件的新工作流程解析所有樣本的基因組和宏基因組序列后，King及其同事使用NCBI的全面和公開可用的遺傳信息，在所有樣本(GutFeelingKB)中匯編了確認微生物及其相對豐度的初始數(shù)據(jù)庫，以提供元數(shù)據(jù)。描述的有機體。

GutFeelingKB描述了跨越60個不同屬的157種生物(155種細菌和兩種古菌生物)。最大的細菌門是Firmicutes(列表中所有生物的40%)，其中由20%的梭菌，19%的Bacterioidia，17%的雙歧桿菌，14%的腸桿菌和14%的乳桿菌屬細菌組成。酸奶和其他益生菌食品中也含有細菌。作者還指出，所有樣本中共有84種生物，這可能表明它們可能是人類腸道的核心物種。

這項研究只招募了16名參與者，一小部分樣本。但是，雖然進一步的研究可能會繼續(xù)識別來自世界各地的健康腸道中存在的其他生物，但GutFeelingKB是重要的第一步。該數(shù)據(jù)庫可作為樣本比較分析和未來患者微生物組治療發(fā)展的起點。

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