用于單細胞分析的新的快速且穩(wěn)健的方法
我們身體中的許多細胞類型以模糊的方式工作,科學(xué)尚未完全理解。這也適用于免疫細胞,這對于保護我們免受嚴重疾病至關(guān)重要。
為了克服這一障礙,研究人員付出了很多努力來尋找研究單個細胞內(nèi)部工作的新方法。
“挑戰(zhàn)不僅僅是將單個細胞與組織樣本分離。我們還需要找到一種方法來確定個體細胞的功能”,生物化學(xué)與分子生物學(xué)系助理教授兼首席研究員Kedar Nath Natarajan說。 ,南丹麥大學(xué)。
在由Wellcome Sanger研究所的Kedar Nath Natarajan和Xi Chen領(lǐng)導(dǎo)的一項新研究中,一個研究小組開發(fā)了一種新的方法,用于顯微鏡分析器官和組織內(nèi)的微小單細胞。
這種新方法可以分析來自脾臟的3000多個細胞,這是各種免疫細胞的熱點; 細胞可抵抗感染,但也能提供日常免疫力和反應(yīng)。
不斷開發(fā)新方法以顯微鏡觀察器官和組織內(nèi)的微小單細胞。原則是研究生物體的基本藍圖,即DNA以及如何將其包裝在單個細胞內(nèi)。這種包裝被稱為染色質(zhì),并指示藍圖中哪些基因被打開和關(guān)閉,從而確定它是否變成血細胞,皮膚細胞,免疫細胞,癌細胞或其他類型的細胞。
“我們的新方法描述了單個細胞內(nèi)的染色質(zhì),并提供了一種強大,可擴展且更便宜的替代現(xiàn)有技術(shù)的方法,這些方法需要昂貴的基礎(chǔ)設(shè)施,專用試劑和設(shè)備,”Kedar Nath Natarajan說。
與Wellcome Sanger研究所的第一作者Xi Chen一起,他領(lǐng)導(dǎo)了新方法的開發(fā),并介紹了各種細胞,包括免疫細胞,干細胞等.Wellcome Sanger研究所的其他貢獻者是Ricardo J Miragaia,這項工作已經(jīng)完成在通訊作者Sarah A Teichmann的實驗室里。
論文的摘要給出了這樣的描述:
使用測序(ATAC-seq)對轉(zhuǎn)座酶可接近的染色質(zhì)的測定廣泛用于鑒定整個基因組中的調(diào)節(jié)區(qū)域。然而,由于技術(shù)挑戰(zhàn),在單細胞水平(scATAC-seq)進行的研究很少。在這里,我們開發(fā)了一種簡單而強大的基于板的scATACseq方法,將前端批量Tn5標記與單核分選相結(jié)合。我們證明了我們的方法在各種系統(tǒng)中運行穩(wěn)健,包括來自原發(fā)組織的新鮮和冷凍保存的細胞。通過分析超過3,000個脾細胞,我們識別不同的免疫細胞類型并揭示細胞類型特異性調(diào)節(jié)區(qū)域和相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子。
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