短RNA分子在單細胞中定位
Karolinska Institutet的研究人員測量了個體胚胎干細胞中短的非編碼RNA序列的絕對數(shù)量。新方法可以提高對我們的基因如何被調(diào)節(jié)和不同細胞類型發(fā)展的理解。當我們使用基因中的信息時,例如構(gòu)建蛋白質(zhì)時,首先將其翻譯成信使RNA,其作為蛋白質(zhì)的藍圖。我們的細胞還含有非編碼的短RNA序列,這些序列對蛋白質(zhì)的形成沒有貢獻,其功能部分未知。其中最著名的是微RNA(miRNA),它可以與信使RNA相互作用,從而調(diào)節(jié)基因和細胞功能。
卡羅林斯卡醫(yī)學院的研究人員現(xiàn)在已經(jīng)在單個細胞中繪制了短RNA序列的存在。以前對短RNA分子的研究是基于對許多細胞的同時分析,使得研究其準確的功能變得困難。“我們對短RNA分子功能的了解非常普遍。我們有一般機制的圖片,但不清楚這些分子在不同類型的細胞或疾病中發(fā)揮的具體作用,”Rickard Sandberg教授說。細胞與分子生物學系,也隸屬于斯德哥爾摩路德維希癌癥研究中心。
使用單細胞轉(zhuǎn)錄組學進行分析,該技術(shù)使得可以測量細胞中短RNA分子的絕對數(shù)量。使用兩種類型的胚胎干細胞,旨在模仿早期胚胎,在它附著于子宮內(nèi)膜之前和之后。
研究人員可以檢測到兩種細胞狀態(tài)下的大量小RNA,包括miRNA以及功能在很大程度上未知的較短RNA片段(tRNA和snoRNA)。研究人員還發(fā)現(xiàn),大量的miRNA在兩種細胞狀態(tài)下表達不同。
“這是基礎(chǔ)研究和示范,該方法有效,為進一步研究提供了建議。在細胞中繪制短RNA分子水平是確定這些分子特定功能的第一步,”Omid Faridani說。這項研究的主要作者。
從長遠來看,Rickard Sandberg可以想象該方法的臨床應用。
“例如,我們對短RNA分子在胚胎發(fā)育過程中的作用感興趣。我們希望,通過更多的知識,這種方法可以用來確定哪些胚胎有最好的發(fā)育機會,然后用于改善目前的IVF治療,“他說。
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