繪制改進(jìn)木薯生產(chǎn)的途徑
對于全世界近10億人來說,木薯是主要作物,也是卡路里的主要來源。該植物易于栽培 - 插條在邊緣土地上生長良好-并且它非常耐受干旱。對于美國能源部而言,這些特性及其淀粉質(zhì)量使木薯成為生物燃料生產(chǎn)的潛在原料。
雖然木薯易于栽培,但它特別容易受到植物病原體的侵害,這會(huì)嚴(yán)重降低作物產(chǎn)量。為了幫助改善這種根莖作物的育種策略,加州大學(xué)伯克利分校的研究人員和美國能源部聯(lián)合基因組研究所(美國能源部科學(xué)用戶設(shè)施辦公室)的研究人員在4月份描述了木薯的遺傳多樣性。2016年8月18日在線出版“ 自然生物技術(shù) ”雜志。由于木薯根含有20-40%的淀粉,每公頃產(chǎn)量比玉米淀粉少15-30%,在世界許多地方,特別是非洲和東南亞,它代表了可再生能源的生物質(zhì)的戰(zhàn)略來源。正在生產(chǎn)用于運(yùn)輸燃料的乙醇。在基因組學(xué)的幫助下,研究人員希望應(yīng)用先進(jìn)的育種策略,以提高木薯對疾病的抵抗力,提高作物產(chǎn)量。
最初在DOE JGI社區(qū)科學(xué)計(jì)劃和Roche 454生命科學(xué)的支持下對木薯基因組進(jìn)行了測序。自從草案序列于2009年發(fā)布以來,研究人員已經(jīng)使用額外的數(shù)據(jù)對其進(jìn)行了改進(jìn),以便開發(fā)染色體尺度序列,部分原因是為了將信息應(yīng)用于改進(jìn)的育種策略。
在該論文中,包括加州大學(xué)伯克利分校專家Jessen Bredeson和博士后學(xué)者Jessica Lyons以及DOE JGI的Simon Prochnik和Albert Wu的團(tuán)隊(duì)將木薯參考基因組與親緣蓖麻子(Ricinis communis),橡膠樹(Hevea)的基因組進(jìn)行了比較。brasiliensis),塞阿拉橡膠(Manihot glaziovii)和來自世界各地的53種栽培和野生木薯品種。他們發(fā)現(xiàn),非洲當(dāng)前育種工作中使用的木薯的遺傳多樣性已大大減少,其中木薯花葉病和木薯褐條病等病毒影響了許多國家的作物產(chǎn)量。他們能夠檢測到可追溯到20世紀(jì)30年代的木薯改良計(jì)劃的遺傳特征,其中雜交的木薯和塞阿拉橡膠,以及這些Ceara橡膠區(qū)域在精英木薯品種中的持久性表明它們賦予了理想的特性。他們還闡明了許多栽培木薯品種之間的相關(guān)性,這可以幫助育種者在改良計(jì)劃中最大化遺傳多樣性。
“這里描述的變異和種群結(jié)構(gòu)是基于標(biāo)記輔助和基因組選擇的方法的必要輸入,以提高這種主要作物的抗病性和產(chǎn)量,”該團(tuán)隊(duì)指出。
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