使用單細(xì)胞RNA測序和巧妙的統(tǒng)計(jì)分析來跟蹤干細(xì)胞成熟時(shí)的情況
成體干細(xì)胞具有轉(zhuǎn)化為多種類型細(xì)胞的能力,但追蹤個(gè)體干細(xì)胞隨著它們成熟的過程,并且識(shí)別觸發(fā)這些決定性決定的分子在活體動(dòng)物中是困難的。
加州大學(xué)伯克利分校的神經(jīng)科學(xué)家現(xiàn)已將單細(xì)胞中RNA測序的新技術(shù)與詳細(xì)的統(tǒng)計(jì)分析相結(jié)合,以更容易地追蹤鼻子中的個(gè)體干細(xì)胞,發(fā)現(xiàn)有朝一日可以幫助那些失去它的人恢復(fù)氣味的線索。結(jié)果發(fā)表在本周的Cell Stem Cell雜志上。
“干細(xì)胞的工作有兩個(gè)方面:取代或重建隨著時(shí)間推移而損失的成熟細(xì)胞,無論是通過正常衰老還是在受傷后,都要更換自己,以便這個(gè)過程可以在動(dòng)物的整個(gè)生命過程中持續(xù)進(jìn)行,”資深作者約翰說。 Ngai,Coates家庭神經(jīng)科學(xué)教授,加州大學(xué)伯克利分校Helen Wills神經(jīng)科學(xué)研究所和伯克利干細(xì)胞中心的成員。“我們越來越接近了解嗅覺干細(xì)胞是如何產(chǎn)生成熟的感覺神經(jīng)元,這是對最終干細(xì)胞療法恢復(fù)功能的關(guān)鍵。”
Ngai指出,50歲以上的人中有四分之一可能有一些嗅覺喪失,但醫(yī)生幾乎不了解原因,大多數(shù)情況下都沒有治療方法。盡管人們普遍報(bào)告患有失去嗅覺的患者的痛苦,但是甚至沒有針對視力或聽力損失的嗅覺喪失的標(biāo)準(zhǔn)化測試。
“有些嗅覺癥狀 - 嗅覺喪失 - 是由于創(chuàng)傷性損傷,而且你通常不會(huì)做很多事情,”他說。“但是有些與年齡有關(guān),或者是由于我們不太了解的原因而發(fā)生。對于與年齡相關(guān)的無癥狀,可能是因?yàn)楦杉?xì)胞不能替代隨時(shí)間推移而自然喪失的細(xì)胞。一個(gè)想法是,如果我們能夠利用那些正在失去氣味的人的鼻子中的干細(xì)胞,也許我們可以找到恢復(fù)功能的方法,讓它們重新生成丟失的細(xì)胞。“
跟蹤細(xì)胞命運(yùn)
Ngai是加州大學(xué)伯克利分校加州定量生物科學(xué)研究所的功能基因組學(xué)實(shí)驗(yàn)室的負(fù)責(zé)人,專注于我們的嗅覺中涉及的細(xì)胞和調(diào)節(jié)分子。鼻子中的嗅覺細(xì)胞是不尋常的,因?yàn)樗鼈兪巧眢w外層或上皮的一部分,也是神經(jīng)系統(tǒng)的一部分,包含直接與大腦中的氣味中心連接的神經(jīng)元。
他的研究小組一直在研究成人嗅覺干細(xì)胞,這些細(xì)胞會(huì)產(chǎn)生神經(jīng)元,感知?dú)馕逗推渌?xì)胞,如支持神經(jīng)元的支持細(xì)胞。Ngai說,一種在單細(xì)胞中對RNA進(jìn)行測序的新技術(shù)具有革命性,允許研究人員根據(jù)細(xì)胞中存在的mRNA來追蹤密集組織中哪些干細(xì)胞變得特化,這表明哪些基因正在被表達(dá)。然而,很難跟蹤可能潛在地分化成不同類型細(xì)胞的干細(xì)胞。
Ngai的團(tuán)隊(duì)與加州大學(xué)伯克利分校的統(tǒng)計(jì)學(xué)家和計(jì)算機(jī)科學(xué)家合作 - 由生物統(tǒng)計(jì)學(xué)和統(tǒng)計(jì)學(xué)教授Sandrine Dudoit,統(tǒng)計(jì)學(xué)教授Elizabeth Purdom和電氣工程和計(jì)算機(jī)科學(xué)教授Nir Yosef領(lǐng)導(dǎo) - 開發(fā)一種方法分析實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)并鑒定具有相似RNA譜的細(xì)胞,指示特定細(xì)胞類型和發(fā)育狀態(tài)。
結(jié)果,該團(tuán)隊(duì)能夠追蹤細(xì)胞在轉(zhuǎn)變?yōu)橹С旨?xì)胞時(shí)所采取的路徑 - 這似乎是嗅覺干細(xì)胞的默認(rèn)命運(yùn) - 并進(jìn)入神經(jīng)元和其他類型的細(xì)胞。他們還能夠識(shí)別稱為“Wnt”的信號通路,該通路觸發(fā)嗅干細(xì)胞成為感覺神經(jīng)元。
Ngai警告說,這項(xiàng)工作的直接影響僅限于動(dòng)物模型,它為最終解決人類的異常癥提供了必要的基礎(chǔ)。“但是有了這些信息,我們現(xiàn)在可以看到控制過程的窗口,因此是操縱或合并該過程以刺激再生的窗口”他說。“例如,對Wnt信號通路進(jìn)行了大量研究,因此有許多小分子藥物可以通過測試來觸發(fā)干細(xì)胞成熟為神經(jīng)元。”
他說,研究小組開發(fā)的測序和統(tǒng)計(jì)技術(shù)也可供其他人研究其他組織,器官系統(tǒng)或生物體中干細(xì)胞的調(diào)節(jié)。
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