照亮基因組
自2012年報(bào)道其機(jī)制以來(lái),CRISPR / Cas9系統(tǒng)一直引起科學(xué)界的漣漪。通常被稱(chēng)為基因組編輯工具,許多科學(xué)家已發(fā)現(xiàn)Cas9蛋白的剪刀樣特性的不同應(yīng)用。來(lái)自萊布尼茨植物遺傳和作物植物研究所(IPK Gatersleben)的研究人員現(xiàn)在已經(jīng)找到了一種以稍微不同的方式利用RNA /蛋白質(zhì)復(fù)合物的方法 - 作為細(xì)胞遺傳學(xué)的火炬。除了在常規(guī)原位雜交中,新的RNA引導(dǎo)的核酸內(nèi)切酶原位標(biāo)記工具(RGEN-ISL)不再需要DNA的變性。因此,新方法使染色質(zhì)保持完整,從而可以研究樣品的結(jié)構(gòu)。此外,RGEN-ISL可與蛋白質(zhì)檢測(cè)方法結(jié)合使用,并可實(shí)現(xiàn)標(biāo)記過(guò)程的實(shí)時(shí)可視化。雖然RGEN-ISL最初是為植物基因組開(kāi)發(fā)的,但它可用于所有生物體,并且在染色體生物學(xué)領(lǐng)域顯示出一種很有前途的新工具。
II型聚類(lèi)定期間隔短回文重復(fù)序列(CRISPR)相關(guān)半胱天冬酶9(Cas9)系統(tǒng)的發(fā)現(xiàn)是靶向基因組編輯領(lǐng)域的里程碑。RNA / 蛋白質(zhì)復(fù)合物最初源自細(xì)菌Streptococcus pyogenes,現(xiàn)在是真核生物中靶向基因組編輯的成熟工具。
雖然其類(lèi)似剪刀的特性已經(jīng)產(chǎn)生了廣泛的應(yīng)用,萊布尼茨植物遺傳和作物植物研究所(IPK Gatersleben)的科學(xué)家們正在使用CRISPR / Cas9進(jìn)行新的細(xì)胞遺傳學(xué)方法,將光照射到真核生物基因組中。引導(dǎo)的核酸內(nèi)切酶原位標(biāo)記(RGEN-ISL)。
在過(guò)去的30年中,熒光原位雜交(FISH)已成為在染色體水平上可視化原位DNA序列的既定方法。然而,該方法需要DNA的變性,因此經(jīng)常損害樣品的結(jié)構(gòu)。通過(guò)將RGEN-ISL方法基于CRISPR-Cas9,IPK研究人員設(shè)法繞過(guò)FISH的變性步驟,同時(shí)整合了常規(guī)FISH方法的所需熒光標(biāo)記特性。由于新的細(xì)胞遺傳學(xué)工具保留了樣本的結(jié)構(gòu),它開(kāi)辟了研究基因組時(shí)空結(jié)構(gòu)的選擇。
進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)表明,RGEN-ISL優(yōu)于傳統(tǒng)方法組合,例如FISH和免疫組織化學(xué),需要較少的制備并且相對(duì)更快和更便宜。此外,新方法可在4°C至37°C的寬溫度范圍內(nèi)發(fā)揮作用,還可與其他蛋白質(zhì)檢測(cè)和成像方法結(jié)合使用。進(jìn)一步的優(yōu)點(diǎn)是RGEN-ISL允許實(shí)時(shí)可視化CRISPR / Cas9介導(dǎo)的DNA標(biāo)記,因此揭示了反應(yīng)的動(dòng)力學(xué)。
到目前為止,研究人員已經(jīng)在植物樣本中測(cè)試了RGEN-ISL,但也測(cè)試了人類(lèi)染色體中的RGEN-ISL,說(shuō)明他們的新方法可能適用于所有生物體。目前,方法的使用僅限于重復(fù)的DNA序列,如植物基因組中常見(jiàn)的那樣。然而,現(xiàn)在在日本鳥(niǎo)取大學(xué)工作的Takayoshi Ishii博士構(gòu)思了RGEN-ISL背后的初步想法,他認(rèn)為這種方法可以適應(yīng)未來(lái)單拷貝序列的可視化。
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