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      ECCITE-seq促進(jìn)多模式單細(xì)胞分析
      
			
      
				2019-04-24 09:59:35
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      最近由紐約基因組中心的科學(xué)家開發(fā)的ECCITE-seq允許研究人員對單個(gè)細(xì)胞的多種信息形式進(jìn)行高通量測量，根據(jù)Nature Methods昨天發(fā)表的一篇論文。
      

      ECCITE-seq促進(jìn)多模式單細(xì)胞分析
      

      通過測序，ECCITE-seq或擴(kuò)展的CRISPR兼容的轉(zhuǎn)錄組和表位的細(xì)胞索引，并行地分析來自數(shù)千個(gè)單細(xì)胞的不同類型的生物分子，提供可用作基于CRISPR的匯集遺傳學(xué)篩選中的讀數(shù)的廣泛信息。
      

      2017年，NYGC發(fā)布了一個(gè)相關(guān)工具CITE-seq，它可以檢測蛋白質(zhì)和單個(gè)細(xì)胞中的轉(zhuǎn)錄組。他們通過使用相同的概念對單個(gè)樣品進(jìn)行條形碼編碼，從而在2018年發(fā)布的名為Cell Hashing的方法中對單細(xì)胞RNA測序?qū)嶒?yàn)進(jìn)行多重化，從而完成了這項(xiàng)工作。這些技術(shù)在最近的Biocompare電子書中得到了廣泛的應(yīng)用。
      

      “也許這種方法最重要的應(yīng)用在于CRISPR屏幕，”高級研究科學(xué)家，該研究的第一作者Eleni Mimitou博士說。“將指南的直接捕獲與多模式讀數(shù)相結(jié)合，有望使這些單細(xì)胞篩選更加穩(wěn)健和高效，并揭示單獨(dú)在RNA水平無法檢測到的細(xì)胞表型，”她繼續(xù)說道。在原理證明分析中，Mimitou博士及其同事展示了高效的指導(dǎo)捕獲，并對目標(biāo)轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行了特異性指導(dǎo)反應(yīng)，并顯著降低了蛋白質(zhì)水平。ECCITE-seq與現(xiàn)有的CRISPR指導(dǎo)庫兼容，可廣泛應(yīng)用于檢測單細(xì)胞水平的擾動。“對于ECCITE-seq，我們調(diào)整了我們之前關(guān)于蛋白質(zhì)檢測和樣品多路復(fù)用的工作，并將它們與直接檢測用于CRISPR篩選的單一指導(dǎo)RNA的能力結(jié)合起來，”NYGC技術(shù)創(chuàng)新經(jīng)理Peter Smibert博士說。新研究的實(shí)驗(yàn)室和相應(yīng)的作者。“ECCITE-seq中的單獨(dú)測量是模塊化的，因此研究人員可以選擇他們需要為他們提出的問題做出哪些測量，”他繼續(xù)道。
      

      “雖然我們已經(jīng)證明了這種方法在癌癥中的實(shí)用性，但它是一個(gè)可以應(yīng)用于一系列生物系統(tǒng)和疾病研究的平臺。隨著未來的發(fā)展，包括增加新的模式，我們看到ECCITE-seq和未來擴(kuò)展它的方法作為更好地審查個(gè)體細(xì)胞的基本工具，“Smibert博士解釋說。
      
			

			
        
      
			
      
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