新的生物信息學(xué)工具可識別CRISPR-Cas系統(tǒng)并對其進行分類
新的CRISPRdisco自動化管道旨在提高日益多樣化的CRISPR-Cas基因組編輯系統(tǒng)的實用性和可用性，幫助研究人員識別基因組裝配中的CRISPR重復(fù)序列和cas基因。免費提供的軟件提供標(biāo)準(zhǔn)化，高通量的分析方法，可檢測CRISPR重復(fù)序列并準(zhǔn)確分配類別，類型和亞型，如The CRISPR Journal上發(fā)表的文章所述。
CRISPR發(fā)現(xiàn)(CRISPRdisco)起源于北卡羅來納州立大學(xué)實驗室的Rodolphe Barrangou，PhD，The CRISPR Journal的主編。Barrangou博士及其同事，北卡羅來納州立大學(xué)的Alexandra Crawley，羅利和James Henriksen，AgBiome，北卡羅來納州達勒姆，共同撰寫了題為“CRISPRdisco：用于發(fā)現(xiàn)和分析CRISPR-Cas系統(tǒng)的自動化管道”的文章。
在這項研究中，研究人員使用CRISPRdisco在來自NCBI RefSeq數(shù)據(jù)庫的2,777個完整基因組中鑒定和分類可能的CRISPR-Cas系統(tǒng)。他們強調(diào)了能夠區(qū)分完整和不完整的CRISPR系統(tǒng)以及確定體內(nèi)潛在完整和功能性CRISPR-Cas系統(tǒng)與計算機中CRISPR-Cas多樣性之間的聯(lián)系的重要性。重要的是，該平臺可通過GitHub隨時供所有人使用，并使新手能夠在各種基因組數(shù)據(jù)集中挖掘和表征CRISPR-Cas系統(tǒng)。
“新的生物信息學(xué)工具，程序和數(shù)據(jù)庫有助于推動CRISPR革命，我們很高興為這些重要平臺的驗證提供論壇，”The CRISPR Journal執(zhí)行編輯Kevin Davies博士說。
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