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      新算法識別不同細菌物種之間的基因轉(zhuǎn)移
      
			
      
				2019-01-03 10:23:46
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      基因轉(zhuǎn)移在肺炎鏈球菌細菌的抗生素抗性基因中特別常見。當哺乳動物繁殖時，后代的基因組是父母基因組的組合。相反，細菌通過細胞分裂繁殖。理論上，這意味著后代的基因組是親本基因組的拷貝。然而，由于水平基因轉(zhuǎn)移，細菌可以將其基因組的片段彼此轉(zhuǎn)移，因此該過程不是那么簡單。作為這種現(xiàn)象的結(jié)果，單個細菌的基因組可以是來自幾個不同供體的基因的組合。一些基因組片段甚至可能來自完全不同的物種。
      

      新算法識別不同細菌物種之間的基因轉(zhuǎn)移
      

      在最近結(jié)合機器學習和生物信息學的研究中，開發(fā)了一種新的計算方法，用于模擬細菌群體的不同譜系之間或甚至完全不同的細菌物種之間的基因轉(zhuǎn)移。該方法用于分析重組致病病原體肺炎鏈球菌的616個全基因組的集合。
      

      基因的有用性會影響其轉(zhuǎn)移率
      

      在該研究中，鑒定了幾個基因轉(zhuǎn)移被認為特別常見的個體基因。這些基因還包括導致抗生素抗性的基因。“在抗生素抗性基因的情況下，基因轉(zhuǎn)移的數(shù)量可能與這些基因?qū)毦挠行砸约坝纱水a(chǎn)生的選擇壓力有關(guān)”，阿爾托大學計算機科學系的研究員Pekka Marttinen說。
      

      該研究不會直接解決抗生素耐藥性問題，因為這需要深入了解耐藥性的發(fā)生和傳播。然而，他解釋說，了解不同物種和譜系之間基因轉(zhuǎn)移的程度可以幫助改善這種理解。
      

      該研究能夠證明基因轉(zhuǎn)移既發(fā)生在物種內(nèi)，也發(fā)生在幾種不同物種之間。研究期間發(fā)現(xiàn)的大量轉(zhuǎn)移對研究人員來說是一個驚喜。
      

      Marttinen說，以前的研究表明，基因轉(zhuǎn)移在個體基因中很常見，但我們的團隊是第一個使用計算方法來顯示整個基因組中基因轉(zhuǎn)移程度的人。“該方法還可以首次有效檢查祖先的基因轉(zhuǎn)移，這對于研究不同物種之間的轉(zhuǎn)移非常重要。”
      
			

			
        
      
			
      
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