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      新的軟件工具簡化了DNA序列設(shè)計(jì)和構(gòu)建過程
      
			
      
				2019-01-02 10:21:34
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      合成DNA使科學(xué)家們能夠擴(kuò)展其基因組研究的廣度和深度。在這項(xiàng)研究中，來自美國能源部聯(lián)合基因組研究所(DOE JGI)的研究人員開發(fā)了一套構(gòu)建優(yōu)化軟件工具(BOOST)，以簡化合成生物學(xué)工程工作流程中的設(shè)計(jì) - 構(gòu)建過渡。BOOST可以自動(dòng)檢測“難”序列(核苷酸)并重新設(shè)計(jì)它們用于DNA合成，解決具有某些問題特征的DNA序列(例如，極端%GC，序列模式和重復(fù))，這降低了DNA合成的成功率。
      

      新的軟件工具簡化了DNA序列設(shè)計(jì)和構(gòu)建過程
      

      通過增強(qiáng)工具改進(jìn)合成DNA 的設(shè)計(jì)和制造，科學(xué)家們可以加速基因發(fā)現(xiàn)和基因表征，以實(shí)現(xiàn)能源和環(huán)境的實(shí)際應(yīng)用。
      

      設(shè)計(jì)和制造合成DNA的能力為基因組研究開辟了巨大的可能性。除了提供難以發(fā)現(xiàn)的樣品(以及制作自然界中未知的基因組序列)之外，制造DNA還使科學(xué)家能夠在各種環(huán)境和環(huán)境中測試任何序列。BioCAD / CAM軟件工具可幫助研究人員設(shè)計(jì)對于發(fā)現(xiàn)能源和環(huán)境的新解決方案至關(guān)重要的序列，但到目前為止，該軟件還無法自動(dòng)修復(fù)有問題的序列。這減緩了從設(shè)計(jì)到制造過程的過渡，延遲了設(shè)計(jì)DNA的合成。
      

      為了解決這個(gè)問題，美國能源部科學(xué)用戶設(shè)施辦公室DOE JGI的研究人員開發(fā)了一套構(gòu)建優(yōu)化軟件工具(BOOST)來自動(dòng)化合成DNA設(shè)計(jì)過程 - 并取消了試錯(cuò)過程科學(xué)家們目前利用它來確定可以合成的序列。
      

      “BOOST的目標(biāo)是以可擴(kuò)展的方式簡化設(shè)計(jì)易于合成的DNA片段的過程，”該團(tuán)隊(duì)在2016年12月6日發(fā)表于ACS Synthetic Biology的論文中寫道，該論文詳述了BOOST的功能。這套工具可用作Web應(yīng)用程序，可執(zhí)行的JAVA Archive(JAR)以及RESTful API。最終，這將加速合成DNA的使用，以探索與DOE能源和環(huán)境任務(wù)相關(guān)的基因功能。
      
			

			
        
      
			
      
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