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      科學家用染色質可及性模擬基因調控
      
			
      
				2018-12-28 08:48:02
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      中國科學院數(shù)學與系統(tǒng)科學研究院(AMSS)的研究人員與斯坦福大學和清華大學的科學家合作，成功建立了配對表達和染色質可及性(PECA)的基因調控數(shù)據(jù)，并開發(fā)了新的工具。推斷特定背景的監(jiān)管網(wǎng)絡。甲基因調控網(wǎng)絡描述轉錄因子蛋白在靶基因，這會影響它的空間和時間的調節(jié)區(qū)結合的生物過程的表達。
      

      科學家用染色質可及性模擬基因調控
      

      不同的人體組織和細胞類型來自相同的DNA序列。然而，僅有約一半的基因在特定組織或細胞類型中轉錄，導致每種細胞類型的不同形態(tài)和功能。自從高通量基因表達實驗的出現(xiàn)以來，計算生物學家一直對基因調控關系的推斷感興趣，所述基因調控關系來自對應于不同細胞類型和實驗條件的不同細胞環(huán)境中的基因表達數(shù)據(jù)。
      

      染色質調節(jié)因子，序列特異性轉錄因子和順式調節(jié)序列元件之間的相互作用是形成背景特異性染色質結構和基因表達的主要驅動力。然而，由于大量此類交互，在大多數(shù)細胞環(huán)境中通常缺少對它們的直接數(shù)據(jù)。
      

      目前的工作表明，通過在不同的細胞環(huán)境中對匹配的表達和可訪問性數(shù)據(jù)建模，有可能在結合位置和染色質狀態(tài)的缺失數(shù)據(jù)中恢復大部分信息，并實現(xiàn)基因調控關系的準確推斷。
      

      由PECA推斷的轉錄調控網(wǎng)絡提供了反式和順式調控元件如何協(xié)同工作以特定情境特定方式影響基因表達的詳細視圖。
      

      研究人員提出了一種基于不同細胞環(huán)境下PECA數(shù)據(jù)的統(tǒng)計方法。他們強調了染色質在基因表達調控中的關鍵作用。
      

      他們分析了來自小鼠DNA元素百科全書(ENCODE)的PECA數(shù)據(jù)，并探索了與性狀和疾病相關的遺傳變異的解釋。
      
			

			
        
      
			
      
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