全基因組測序用于預(yù)測膿腫分枝桿菌克拉霉素耐藥性
標(biāo)準(zhǔn)的抗菌素藥敏試驗(yàn)(AST)方法會(huì)延遲最佳抗菌素治療的選擇。在此，我們?cè)噲D確定納米孔全基因組測序確定的抗生素耐藥性(AMR)決定因素在預(yù)測AST結(jié)果中的準(zhǔn)確性。(i)實(shí)時(shí)納米孔分析方法識(shí)別獲得的AMR基因，(ii)基于組合的納米孔方法識(shí)別獲得的AMR基因和染色體突變，以及(iii)使用納米孔組件的短讀校正方法。
納米孔裝配體的短讀校正是確定納米孔測序結(jié)果準(zhǔn)確性的參考標(biāo)準(zhǔn)。通過實(shí)時(shí)分析方法，獲得的AMR基因在離體8 h內(nèi)全部注釋。亞種分離株在14 h內(nèi)組裝出足夠的耐藥基因和單核苷酸多態(tài)性注釋。40k基因型結(jié)果與AST預(yù)測結(jié)果總體一致。實(shí)時(shí)方法和裝配方法的肺炎分離株分別為77%(范圍30% - 100%)和92%(范圍80% - 100%)。
評(píng)估病人貢獻(xiàn)40隔離,實(shí)時(shí)方法和裝配方法可以縮短平均時(shí)間有效的抗生素治療20 h和26 h,分別比標(biāo)準(zhǔn)的AST。納米孔測序提供了一個(gè)快速的方法來準(zhǔn)確地識(shí)別耐藥機(jī)制和預(yù)測AST k .肺炎隔離的結(jié)果。生物信息學(xué)的改進(jìn)使實(shí)時(shí)校準(zhǔn)成為可能，再加上快速提取和庫制備，將進(jìn)一步提高納米孔實(shí)時(shí)方法的準(zhǔn)確性和工作流程。
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