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      新的基因組學(xué)工具CITE-Seq可以對(duì)單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行大規(guī)模的多維分析
      
			
      
				2018-12-24 10:36:39
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			  來(lái)源：
			
      
		
      
				
		
      
			
      由紐約基因組中心(NYGC)的科學(xué)家開(kāi)發(fā)的一項(xiàng)新技術(shù)代表了單細(xì)胞RNA測(cè)序的重要一步，這是一個(gè)先進(jìn)的基因組學(xué)領(lǐng)域，可以提供對(duì)單個(gè)細(xì)胞的詳細(xì)見(jiàn)解，并可以區(qū)分不同的細(xì)胞類型和研究個(gè)體細(xì)胞水平的疾病機(jī)制。通過(guò)測(cè)序，CITE-seq或轉(zhuǎn)錄組和表位的細(xì)胞索引將表面蛋白標(biāo)記物的測(cè)量結(jié)合在數(shù)千個(gè)單細(xì)胞上，同時(shí)測(cè)序那些相同單細(xì)胞的信使RNA(mRNA或轉(zhuǎn)錄組)。
      

      新的基因組學(xué)工具CITE-Seq可以對(duì)單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行大規(guī)模的多維分析
      

      NYGC研究人員對(duì)CITE-seq的概念驗(yàn)證研究(今天發(fā)表在Nature Methods上)監(jiān)測(cè)了10種表面蛋白，以及8,000個(gè)單細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組，這是迄今為止多維單細(xì)胞分析的最大規(guī)模證明。
      

      “沒(méi)有其他方法可以同時(shí)測(cè)量相同規(guī)模的轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)，”負(fù)責(zé)CITE-seq開(kāi)發(fā)的NYGC技術(shù)創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)室研究科學(xué)家Marlon Stoeckius博士說(shuō)。“CITE-seq增加了已建立的轉(zhuǎn)錄組分析方法，對(duì)所產(chǎn)生數(shù)據(jù)的質(zhì)量沒(méi)有任何不利影響。”
      

      先前的方法依賴于通過(guò)細(xì)胞計(jì)數(shù)捕獲單個(gè)細(xì)胞的蛋白質(zhì)信息，然后將這些細(xì)胞沉積到平板上用于單細(xì)胞RNA測(cè)序。目前的方法遭受低通量(可分析的細(xì)胞數(shù))并且限于相對(duì)少量的蛋白質(zhì)標(biāo)記物。
      

      CITE-seq的蛋白質(zhì)檢測(cè)組分基于DNA條形碼化抗體，其產(chǎn)生可測(cè)序的讀數(shù)，其與細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組一起被捕獲。CITE-seq生成的蛋白質(zhì)和RNA數(shù)據(jù)的整合需要定制數(shù)據(jù)分析，該分析是與NYGC核心教員Rahul Satija博士實(shí)驗(yàn)室密切合作開(kāi)發(fā)的。作為CITE-seq功效的一個(gè)例子，研究人員使用多模態(tài)數(shù)據(jù)來(lái)識(shí)別僅基于轉(zhuǎn)錄組難以區(qū)分的自然殺傷(NK)細(xì)胞的亞類。
      

      CITE-seq更精細(xì)地解剖細(xì)胞群的能力在臨床研究中具有許多潛在的應(yīng)用。“未來(lái)可能的一個(gè)方向是在腫瘤樣本中使用CITE-seq來(lái)檢查個(gè)體腫瘤細(xì)胞和浸潤(rùn)腫瘤的不同免疫細(xì)胞庫(kù)。這種方法在腫瘤異質(zhì)性的深度表征和腫瘤的發(fā)展中非常有用。新的免疫治療方法，“Stoeckius博士說(shuō)。
      
			

			
        
      
			
      
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