首次整合人原代細胞中microRNA表達的圖譜

盡管個體的幾乎所有細胞的基因組序列是相同的，但人體由數(shù)百種具有不同功能和行為的不同細胞類型組成。細胞功能作用的變化是由一個復(fù)雜的調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)完成的，該調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)由調(diào)節(jié)蛋白以及調(diào)節(jié)RNA如微小RNA組成。這種網(wǎng)絡(luò)的失調(diào)在疾病發(fā)展中起主要作用，特別是在癌癥中。

由RIKEN領(lǐng)導(dǎo)的國際科學(xué)聯(lián)盟FANTOM現(xiàn)在已經(jīng)在人類原代細胞中創(chuàng)建了第一個microRNA表達的廣泛圖譜。利用作為第五版FANTOM的一部分建立的RNA樣本的收集，該團隊對數(shù)百個人類樣本的microRNA文庫進行了測序，包括許多以前從未研究過microRNA存在的細胞類型。

在FANTOM項目的早期階段，每個樣本都使用Cap Analysis Gene Expression(CAGE)進行分析，這是RIKEN開發(fā)的一種技術(shù)，用于發(fā)現(xiàn)RNA的精確起始位點。將CAGE數(shù)據(jù)與microRNA數(shù)據(jù)相結(jié)合，使團隊能夠創(chuàng)建microRNA表達的綜合圖譜以及控制不同細胞類型中microRNA表達的基因組區(qū)域圖譜?？傊@些數(shù)據(jù)集首次提供了這些調(diào)節(jié)器如何有助于建立人體中每種細胞類型的獨特身份。

在Nature Biotechnology上發(fā)表的研究中，科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)，本研究中鑒定的microRNA基因組控制區(qū)在進化過程中高度保守，強調(diào)了它們在細胞調(diào)控中的重要性。研究人員還發(fā)現(xiàn)了數(shù)千個新的基因組位點產(chǎn)生短RNA，這可能證明是一類新的調(diào)控短RNA。

RIKEN生命科學(xué)技術(shù)中心的Michiel de Hoon說：“我們已經(jīng)在網(wǎng)上提供了表達圖譜，并期望在全世界擁有數(shù)千名用戶。我們相信它將成為了解microRNA監(jiān)管及其作用的重要資源。在人類疾病。“

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