利用單細(xì)胞譜系圖譜追蹤細(xì)胞直接重編程
直接細(xì)胞譜系重編程涉及細(xì)胞身份轉(zhuǎn)換,比如Fábio F. Rosa等人近期發(fā)現(xiàn)讓小鼠成纖維細(xì)胞表達(dá)三種轉(zhuǎn)錄因子PU.1、IRF8和BATF3就可直接將它們重編程為呈遞抗原的樹突細(xì)胞,此外,讓人類成纖維細(xì)胞表達(dá)這三種轉(zhuǎn)錄因子也可實(shí)現(xiàn)這一點(diǎn)(Science Immunology, 07 Dec 2018, doi:10.1126/sciimmunol.aau4292)。單細(xì)胞技術(shù)可用于破解細(xì)胞譜系轉(zhuǎn)換過程中出現(xiàn)的相當(dāng)大的異質(zhì)性。然而,在細(xì)胞處理期間,細(xì)胞譜系之間的轉(zhuǎn)換關(guān)系通常會(huì)丟失,這就使得重建這種轉(zhuǎn)換軌跡復(fù)雜化。
在一項(xiàng)新的研究中,來自瑞典、葡萄牙、俄羅斯和英國(guó)的研究人員開發(fā)出一種稱為CellTagging的組合細(xì)胞索引技術(shù),它能夠平行捕獲細(xì)胞克隆歷史和細(xì)胞身份。在這種技術(shù)中,連續(xù)多輪細(xì)胞標(biāo)記使得這些研究人員能夠重建多層細(xì)胞譜系樹。
在將成纖維細(xì)胞直接重編程為誘導(dǎo)性的內(nèi)胚層祖細(xì)胞(endoderm progenitor)的過程中,通過對(duì)成纖維細(xì)胞進(jìn)行CellTagging分析和縱向追蹤,這些研究人員揭示出兩個(gè)不同的轉(zhuǎn)換軌跡:一種轉(zhuǎn)換軌跡導(dǎo)致成功的重編程細(xì)胞產(chǎn)生,另一種轉(zhuǎn)換軌跡導(dǎo)致“死端(dead-end)”狀態(tài),這兩種轉(zhuǎn)換軌跡在細(xì)胞譜系轉(zhuǎn)換的最早階段就已得到確定。
這些研究人員發(fā)現(xiàn)一種潛在的甲基轉(zhuǎn)移酶--- Mettl7a1---的表達(dá)與成功的重編程軌跡相關(guān)聯(lián);將Mettl7a1加入到重編程混合物中可增加誘導(dǎo)性內(nèi)胚層祖細(xì)胞的產(chǎn)率。
綜上所述,這些研究結(jié)果表明這種細(xì)胞譜系追蹤方法可用于揭示直接重編程的動(dòng)態(tài)變化。
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