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      科學(xué)家們正在修復(fù)細(xì)菌生命之樹
      
			
      
				2019-03-26 10:28:49
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      昆士蘭大學(xué)的研究人員使用基于基因組序列的進(jìn)化樹，對(duì)細(xì)菌分類進(jìn)行了全面改造。
      

      科學(xué)家們正在修復(fù)細(xì)菌生命之樹
      

      該研究由UQ化學(xué)與分子生物科學(xué)學(xué)院的Philip Hugenholtz教授和澳大利亞生態(tài)基因組學(xué)研究中心(ACE)領(lǐng)導(dǎo)，該研究依賴于一種稱為宏基因組學(xué)的技術(shù)，其中細(xì)菌基因組直接從環(huán)境樣本中獲得，以創(chuàng)建更完整的圖片。細(xì)菌王國(guó)的結(jié)構(gòu)。
      

      Hugenholtz教授說，這種結(jié)構(gòu)在科學(xué)上被稱為分類學(xué)，它幫助我們將生物之間的關(guān)系聯(lián)系起來。
      

      “分類學(xué)幫助我們根據(jù)等級(jí)，從物種，屬，家庭，秩序，階級(jí)，門和領(lǐng)域等等，將生物分類為從密切相關(guān)的生物到等級(jí)生物，從而對(duì)生物進(jìn)行分類，”他說。
      

      “這是一個(gè)系統(tǒng)，可以幫助我們了解生物體彼此之間的關(guān)系，就像我們使用時(shí)間 - 秒，分鐘，小時(shí)等 - 或使用街道號(hào)碼，街道，郊區(qū)，州和地區(qū)的地理位置。國(guó)家。”
      

      Hugenholtz教授說，科學(xué)界普遍認(rèn)為，進(jìn)化關(guān)系是對(duì)生物進(jìn)行分類的最自然的方式，但由于歷史的困難，細(xì)菌分類學(xué)充滿了錯(cuò)誤。
      

      “這主要是因?yàn)槲⑸镂锓N具有很少的獨(dú)特物理特征，這意味著有數(shù)千種歷史上錯(cuò)誤分類的物種，”他說。
      

      “我們還不能在實(shí)驗(yàn)室里種植絕大多數(shù)的微生物，因此直到最近才意識(shí)到它們。”
      

      該項(xiàng)目的首席軟件開發(fā)人員Donovan Parks博士對(duì)最近基因組測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步以及它如何幫助重建細(xì)菌生命樹感到興奮。
      

      “它的發(fā)展程度非常高，我們現(xiàn)在可以獲得成千上萬種細(xì)菌的完整基因藍(lán)圖，包括尚未在實(shí)驗(yàn)室中生長(zhǎng)的細(xì)菌，”他說。
      

      然后，研究小組利用這些基因組藍(lán)圖構(gòu)建了一個(gè)巨大的細(xì)菌進(jìn)化樹，該樹基于120個(gè)在細(xì)菌結(jié)構(gòu)域高度保守的基因。
      

      “這棵樹幫助我們創(chuàng)建了一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)化的模型，我們修復(fù)了所有錯(cuò)誤分類，并使細(xì)菌群體之間的進(jìn)化時(shí)間表保持一致，”Parks博士說。
      

      “例如，梭菌屬(Clostridium)一直是細(xì)胞內(nèi)產(chǎn)生孢子的桿狀細(xì)菌的傾倒場(chǎng)，因此我們將這一組重新分類為29個(gè)不同家族的121個(gè)獨(dú)立屬。
      

      “我們已經(jīng)對(duì)細(xì)菌分類進(jìn)行了徹底的改造，我們很高興科學(xué)界和我們一樣對(duì)此感到興奮。”
      

      該研究還涉及ACE研究人員Maria Chuvochina博士，David Waite博士，Christian Rinke博士，Adam Skarshewski博士和Pierre-Alain Chaumeil，已發(fā)表在Nature Biotechnology上。
      

      研究小組的分類標(biāo)準(zhǔn)位于gtdb.ecogenomic.org的基因組分類數(shù)據(jù)庫(kù)中，該數(shù)據(jù)庫(kù)由澳大利亞研究理事會(huì)桂冠獎(jiǎng)學(xué)金資助。
      
			

			
        
      
			
      
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