新版人類蛋白質圖譜
今天,推出了第15版人類蛋白質圖譜。新版本包括來自不同來源的數據,這使得可以對RNA和蛋白質水平的組織譜進行比較。仔細觀察人體組織或細胞中的健康和疾病狀況,可以了解更多信息,從而改善醫(yī)療保健。為了進行這種比較,研究人員首先需要了解人體是如何建立的。一種方法是分析轉錄組。這意味著研究哪些基因被激活以在組織或細胞樣品中產生蛋白質。
人類生物學分三個步驟構建; 從DNA到RNA再到蛋白質。需要將DNA代碼復制到RNA中,然后讀取以制作蛋白質。檢測和計數蛋白質分子非常復雜,科學家們需要不同的方法來確保數據的有效性。一種方法是分析轉錄組以計算從特定基因的DNA中復制的RNA分子的量,從而產生從樣品中期望的蛋白質的圖片。計數RNA分子比計算蛋白質分子更容易。
人類蛋白質圖譜包括基于超過25 000種針對超過17 000種獨特蛋白質的抗體的蛋白質組分析,并結合涵蓋所有20 000種人類蛋白質編碼基因的轉錄組分析。4月11日發(fā)布的新地圖集還包括來自多個來源的主要數據,可以進行比較。
- 人類蛋白質圖譜的新版本在繪制不同人體組織中的轉錄組方面取得了顯著進步。這些數據是我們在Chalmers進行的大部分代謝模型的基礎。因此,我對這一進展感到非常興奮,人類蛋白質圖譜肯定會成為我們向更好的診斷和精準醫(yī)學發(fā)展的重要資源,生物學和生物工程系的Jens Nielsen教授說。
此次發(fā)布會附有分子系統(tǒng)生物學的一篇文章,描述了轉錄組資源,重點是從Broad Institute,Boston,US(GTEx)和Human Protein Atlas生成的數據集之間的比較。與人類蛋白質圖譜相比,GTEx數據集包括大多數重疊的1600個樣本,但在某些情況下是獨特的組織。已經包括來自28個GTEx組織的RNA-seq數據以及人類蛋白質圖譜中的相應組織,以允許人類蛋白質圖譜和GTEx數據集之間的直接比較。
- 將GTEx數據集納入人類蛋白質Atlas數據庫使其更加全面,并且令人放心的是,基于兩個獨立數據集的基因組織分類存在顯著重疊,項目主任MathiasUhlén教授說。人類蛋白質圖譜項目。
發(fā)表在Molecular Systems Biology上的文章討論了公開可用的人類轉錄組資源以及這些數據庫在各種應用中的可能用途,例如構建用于分析健康和疾病背景下的細胞和組織功能的基因組規(guī)模代謝模型。
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