新測(cè)試可以診斷來(lái)自熱帶地區(qū)的416種病毒
巴西圣保羅大學(xué)(USP)的研究人員開(kāi)發(fā)了一個(gè)平臺(tái),該平臺(tái)可以分析患者的臨床樣本,以診斷出世界熱帶地區(qū)發(fā)現(xiàn)的416種病毒的感染情況。
根據(jù)其創(chuàng)建者的說(shuō)法,該工具可以由Adolfo Lutz研究所,Oswaldo Cruz基金會(huì)(Fiocruz)和巴西Evandro Chagas研究所等參考實(shí)驗(yàn)室使用,通過(guò)檢測(cè)可能導(dǎo)致人類(lèi)流行的病原體來(lái)協(xié)助流行病學(xué)監(jiān)測(cè)。
由圣保羅大學(xué)里貝朗·普雷圖藥學(xué)院(FCFRP-USP)教授Victor Hugo Aquino協(xié)調(diào)并由FAPESP支持的該研究項(xiàng)目的結(jié)果已發(fā)表在《公共科學(xué)圖書(shū)館·被忽視的熱帶病》上。
文章的主要作者阿基諾說(shuō):“夏天到來(lái)時(shí),懷疑有登革熱,寨卡病毒或基孔肯雅熱感染的患者人數(shù)將會(huì)增加。” “傳統(tǒng)方法經(jīng)常無(wú)法確認(rèn)對(duì)這些疾病的診斷,因此我們不知道正在傳播哪些病毒。”
在他看來(lái),如果Zika開(kāi)始在巴西流行時(shí)就可以使用這種工具,則有可能將其傳播范圍限制在最初的暴發(fā)地點(diǎn)。他說(shuō):“我們花了很長(zhǎng)時(shí)間才意識(shí)到流行病正在發(fā)生,因?yàn)楫?dāng)時(shí)沒(méi)有人想到寨卡。”
除了病原體外,該平臺(tái)還可以檢測(cè)其他零星的病原體,但可能會(huì)成為流行病。
例子包括Mayaro(一種與基孔肯雅病毒有關(guān)的甲型病毒),它是通過(guò)野生蚊子(如Haemagogus janthinomys)傳播的,而Oropouche迄今已將流行病限制在亞馬遜地區(qū)的河沿社區(qū),并且主要通過(guò)Culicoides paraensis物種的mid蟲(chóng)傳播。
阿基諾說(shuō):“還有其他幾種病毒尚未引起人類(lèi)問(wèn)題,但有一天可能會(huì)引起人類(lèi)問(wèn)題。” “它們一直在發(fā)展,隨著自然環(huán)境的惡化,曾經(jīng)局限于自然環(huán)境的傳染病會(huì)傳播到更遠(yuǎn)的地方。”
盡管該平臺(tái)最主要的目的是檢測(cè)由節(jié)肢動(dòng)物傳播的病原體,例如蚊子和壁虱,但它也可以診斷由小型哺乳動(dòng)物傳播的傳染原,例如漢坦病毒。
阿基諾解釋說(shuō),該選擇涵蓋了所有熱帶地區(qū)存在的病毒,這些病毒的DNA序列保存在GenBank中,GenBank是由國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NCBI)維護(hù)的公共數(shù)據(jù)庫(kù),該中心是美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書(shū)館(NLM)的一部分。
這個(gè)怎么運(yùn)作
該平臺(tái)由一個(gè)DNA微陣列載玻片和八個(gè)相同的子陣列組成,其中包含至少重復(fù)復(fù)制三次的病毒探針,以完成包含15,000個(gè)探針的陣列。每個(gè)探針包含與待檢測(cè)病毒基因組互補(bǔ)的60個(gè)核苷酸的序列。
根據(jù)阿基諾的說(shuō)法,這些序列是根據(jù)GenBank利用生物信息學(xué)提供的信息安裝的。
阿基諾說(shuō):“如果血液樣本中包含微芯片中包含的416種病毒中的一種,病原體的基因組將與其中一種探針結(jié)合,產(chǎn)生可以被掃描儀檢測(cè)到的標(biāo)記。”
讀取結(jié)果的設(shè)備與微陣列分析中用于基因表達(dá)分析的設(shè)備相同。
阿基諾說(shuō):“起初,由于成本高昂,測(cè)試不會(huì)針對(duì)整個(gè)人群。” “它將用于疑似登革熱,寨卡病毒或其他發(fā)熱性疾病的患者,這些患者無(wú)法通過(guò)常規(guī)方法進(jìn)行診斷。”
該方法已使用FCFRP-USP病毒學(xué)實(shí)驗(yàn)室提供的20種病毒進(jìn)行了驗(yàn)證。驗(yàn)證測(cè)試并未指出交叉雜交,交叉雜交會(huì)為一種以上的傳染原產(chǎn)生積極的結(jié)果,并妨礙正確鑒定單個(gè)病毒。
然而,該方法被證明可有效診斷合并感染病例,例如同一名患者同時(shí)被寨卡病毒和登革熱感染。
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