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      開發(fā)了導(dǎo)致菌株差異的近交小鼠蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫
      
			
      
				2019-06-04 09:22:24
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      與比利時幾家機(jī)構(gòu)有關(guān)的三位研究人員開發(fā)了一種生物信息學(xué)工具，可以將36種近交小鼠品系的蛋白質(zhì)編碼基因與C57BL / 6J菌株進(jìn)行比較。在他們發(fā)表在美國國家科學(xué)院院刊上的論文中，Steven Timmermans，Marc Van Montagu和Claude Libert描述了該工具，他們使用它創(chuàng)建的數(shù)據(jù)庫以及其他研究人員的應(yīng)用程序。
      

      開發(fā)了導(dǎo)致菌株差異的近交小鼠蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫
      

      科學(xué)家利用老鼠來測試的想法，無論是行為或身體，但與這個新的工作筆記，研究人員，不是所有的毒株特定物種的小鼠是相同的。例如，一種常見菌株中的基因突變可導(dǎo)致結(jié)腸息肉，而另一種菌株中的相同突變則不會。當(dāng)研究人員選擇一種小鼠進(jìn)行實驗時，未能解釋這些特征可能會導(dǎo)致問題。為了解決這個問題，Timmermans，Van Montagu和Libert開發(fā)了一種工具來識別標(biāo)準(zhǔn)菌株和其他36種菌株之間的差異。然后，他們使用該工具對數(shù)據(jù)庫中已知的差異進(jìn)行編目，這些差異可供其他研究人員訪問。
      

      研究人員選擇C57BL / 6J作為比較菌株，因為它是第一個測序的。此后，數(shù)據(jù)庫中出現(xiàn)的其他36種菌株也進(jìn)行了測序。他們開發(fā)的工具本質(zhì)上是一種技術(shù)，用于利用有關(guān)測序區(qū)域的可用信息，查看編碼區(qū)域，計算變異它們，然后將DNA密碼子翻譯成各自的氨基酸序列 - 這樣可以預(yù)測基因會影響哪些突變產(chǎn)生的蛋白質(zhì)。將這些結(jié)果與通過其他研究獲得的其他已知信息一起輸入數(shù)據(jù)庫。
      

      正如團(tuán)隊所指出的那樣，數(shù)據(jù)庫中的大部分信息已經(jīng)公開發(fā)布了一段時間，但不幸的是研究人員，而不是一個地方 - 他們不得不做很多工作來確保他們沒有選擇不合適的應(yīng)變?yōu)樗麄兊挠媱澒ぷ鳌，F(xiàn)在，他們所要做的就是搜索單個數(shù)據(jù)庫，只有在找到新發(fā)現(xiàn)時添加更多數(shù)據(jù)，結(jié)果才會得到改善。希望數(shù)據(jù)庫能夠緩解并因此改進(jìn)實驗設(shè)計，從而產(chǎn)生更好的結(jié)果。
      
			

			
        
      
			
      
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