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      以色列基因治理公司的目標(biāo)是將數(shù)據(jù)縮減到規(guī)模
      
			
      
				2019-05-30 12:26:13
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      已經(jīng)繪制了人類基因組圖譜，但大多數(shù)人的基因組還沒有 - 至少現(xiàn)在還沒有。當(dāng)映射單個(gè)基因組時(shí)，世界將面臨一個(gè)問題：世界上的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)中沒有足夠的空間來存儲(chǔ)這些數(shù)據(jù)。
      

      以色列基因治理公司的目標(biāo)是將數(shù)據(jù)縮減到規(guī)模
      

      總部位于Petah Tikvah的Geneformics首席執(zhí)行官Rafael Feitelberg表示，基因組學(xué)數(shù)據(jù)的大小只是“基因組學(xué)在世界上無處不在的主要抑制因素之一”。測(cè)序的人類基因組可能是200到300千兆字節(jié)的原始數(shù)據(jù)，而分析的基因組可能占用整個(gè)TB的磁盤空間。“如果你想創(chuàng)建基因庫，那么數(shù)據(jù)的大小將非常非常高。”
      

      他表示，Geneformics“致力于提供工具和基礎(chǔ)設(shè)施，使基因組數(shù)據(jù)通過壓縮獲得，”Feitelberg說。
      

      繪制人類基因組的關(guān)鍵不僅僅是知道基因如何相互作用，而是能夠?qū)⑦@種映射應(yīng)用于個(gè)體。例如，隨著一個(gè)可以處置的映射基因組，個(gè)性化醫(yī)療的時(shí)代將蓬勃發(fā)展。醫(yī)生將能夠?yàn)榛颊唛_發(fā)定制藥物，確保藥物專門用于處理問題而沒有任何副作用。
      

      Geneformics現(xiàn)在是其全球最大的基因測(cè)序組織之一，位于馬薩諸塞州的測(cè)序公司W(wǎng)uXi NextCode和悉尼Garvan醫(yī)學(xué)研究所。
      

      數(shù)據(jù)壓縮中的一個(gè)問題是當(dāng)它被解壓縮以再次起作用時(shí)會(huì)發(fā)生什么。“數(shù)據(jù)壓縮應(yīng)該是以無損和透明的方式真正隱藏它們的東西，”Feitelberg說。“從壓縮和解決方案的角度來看，這意味著我們能夠以高速解壓縮數(shù)據(jù)并實(shí)際以無損形式將其流回所有這些應(yīng)用程序。它與原始的，未壓縮的相同文件。”
      

      基于Weizmann計(jì)算生物學(xué)家Eran Segal的數(shù)據(jù)壓縮工作，Geneformics在以色列雷霍沃特的Weizmann科學(xué)研究所成長，他于2014年與職業(yè)技術(shù)專家和現(xiàn)任Geneformics首席技術(shù)官Arik Keshet共同創(chuàng)辦了該公司。
      

      資金來自包括Geneformics董事長Dov Moran在內(nèi)的投資者，他創(chuàng)造了DiskOnKey，被廣泛稱為第一款USB閃存盤。據(jù)Crunchbase稱，莫蘭和兩家私募股權(quán)公司已向Geneformics投入了約285萬美元。該公司最近發(fā)布了Geneformics D，這是其首個(gè)純粹基于云的產(chǎn)品。
      

      CTO Keshet說，它是如何運(yùn)作的，是一個(gè)商業(yè)秘密。他說：“這是一個(gè)年輕的行業(yè)，到目前為止，確實(shí)沒有壓縮標(biāo)準(zhǔn)。你沒有基因組學(xué)的等效JPEG或MPEG”。
      

      “最終，當(dāng)這個(gè)空間成熟時(shí)，我們期望形成標(biāo)準(zhǔn)。屆時(shí)，我們將擁有技術(shù)和[知識(shí)產(chǎn)權(quán)]以及市場(chǎng)影響力。”
      

      Feitelberg表示，該公司將會(huì)說，數(shù)據(jù)節(jié)省可能非常重要。“通過壓縮，我們可以將占地面積減少高達(dá)90%。此外，通過在基因組數(shù)據(jù)的細(xì)粒度級(jí)別進(jìn)行智能分層，我們甚至可以進(jìn)一步增加這些節(jié)省，”他說。
      

      通過與擁有世界上最大的基因組數(shù)據(jù)集之一的Garvan研究所的合作，該公司正在走向國際成功。“這是一個(gè)非常富有成效的合作伙伴關(guān)系，能夠?yàn)樗麄兘⒁粋€(gè)基礎(chǔ)設(shè)施，以便他們不斷發(fā)展，他們將始終以壓縮和有效的方式成長，”Feitelberg說。“我們的觀點(diǎn)是研究人員和生物信息學(xué)家不應(yīng)該因?yàn)閿?shù)據(jù)壓縮而改變他們所做的分析，”他說。
      
			

			
        
      
			
      
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