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      CMU軟件更準(zhǔn)確地匯編RNA轉(zhuǎn)錄本
      
			
      
				2019-05-17 09:57:20
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      卡內(nèi)基梅隆大學(xué)的計算生物學(xué)家開發(fā)了一種更精確的計算方法，用于重建細(xì)胞中RNA產(chǎn)物的全長核苷酸序列，稱為轉(zhuǎn)錄物，將信息從基因轉(zhuǎn)化為蛋白質(zhì)或其他基因產(chǎn)物。他們的軟件稱為Scallop，將幫助科學(xué)家建立更完整的RNA轉(zhuǎn)錄本庫，從而幫助科學(xué)家更好地理解基因表達(dá)的調(diào)控。
      

      CMU軟件更準(zhǔn)確地匯編RNA轉(zhuǎn)錄本
      

      計算生物學(xué)副教授卡爾·金斯福德和計算機科學(xué)學(xué)院計算生物學(xué)系里的研究員楊明福的Scallop報告今天由Nature Biotechnology雜志在線發(fā)表。
      

      扇貝是一種所謂的轉(zhuǎn)錄組裝體，它采用高通量RNA測序技術(shù)(RNA-seq)產(chǎn)生的稱為讀取的RNA序列片段，并將它們重新組合在一起，如拼圖碎片，以重建完整的RNA成績單。
      

      “有許多現(xiàn)有的裝配工，”邵說，“但這些現(xiàn)有方法仍然不夠準(zhǔn)確。”
      

      與兩個領(lǐng)先的匯編程序StringTie和TransComb相比，Scallop對于由多個外顯子組成的轉(zhuǎn)錄本的準(zhǔn)確率為34.5%和36.3% - 編碼部分基因產(chǎn)物的基因的亞基。
      

      與其他基于參考的匯編程序一樣，Scallop首先構(gòu)建一個圖形來組織映射到基因DNA上相應(yīng)位置的讀取。然而，存在許多用于將讀取連接在一起的替代路徑，因此容易產(chǎn)生錯誤。扇貝通過使用新算法充分利用跨越多個外顯子的讀取信息來引導(dǎo)它到正確的裝配路徑，從而提高了它的幾率。
      

      Scallop在組裝不太豐富的RNA轉(zhuǎn)錄本時證明特別擅長，將StringTie和TransComb的準(zhǔn)確度提高了67.5%和52.3%。
      

      研究人員已經(jīng)在GitHub存儲庫中發(fā)布了Scallop作為開放軟件。
      

      “我們已經(jīng)有超過100次下載，根據(jù)我們收到的反饋，人們真正使用它，”Shao說。“我們現(xiàn)在預(yù)計會有更多用戶將我們的論文用完。”
      
			

			
        
      
			
      
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