重新思考轉(zhuǎn)錄因子和基因表達(dá)
轉(zhuǎn)錄 - 將DNA片段讀入蛋白質(zhì)合成的RNA模板 - 是幾乎所有細(xì)胞過程的基礎(chǔ),包括生長,響應(yīng)刺激和繁殖?,F(xiàn)在,懷特黑德研究所的研究人員已經(jīng)完全理解了轉(zhuǎn)錄是如何被控制的以及轉(zhuǎn)錄因子在這個過程中的作用。
該模式的轉(zhuǎn)變,在一篇文章中在線12月7日在該雜志描述的細(xì)胞,鉸鏈上起著關(guān)鍵作用的小蛋白質(zhì)的基因組結(jié)構(gòu),給了我們新的見解在轉(zhuǎn)錄和基因表達(dá)的變化控制如何導(dǎo)致疾病。
轉(zhuǎn)錄有幾個重要的參與者,必須在正確的時間在正確的地方:轉(zhuǎn)錄機(jī)制,轉(zhuǎn)錄因子,啟動子和增強子。根據(jù)現(xiàn)有模型,轉(zhuǎn)錄因子是與基因組的增強子區(qū)域結(jié)合并將轉(zhuǎn)錄機(jī)制募集到啟動子DNA區(qū)域的蛋白質(zhì),然后啟動基因的轉(zhuǎn)錄。
“我們一直認(rèn)為轉(zhuǎn)錄因子的作用是將轉(zhuǎn)錄機(jī)制招募到基因上以打開它們或關(guān)閉它們,”麻省理工學(xué)院懷特黑德分校成員兼生物學(xué)教授理查德楊說。“但我們從未想象過,我們研究了三十年的轉(zhuǎn)錄因子實際上對基因組的結(jié)構(gòu)有貢獻(xiàn)。因此,它們調(diào)節(jié)基因。所以我們現(xiàn)在看基因組如蛋白質(zhì):它們必須適當(dāng)折疊以便控制基因。“
科學(xué)家們已經(jīng)知道,基因組的結(jié)構(gòu) - 它如何彎曲和折疊 - 對于有效地將兩米DNA壓縮到每個人體細(xì)胞中是必不可少的,這相當(dāng)于將十個足球場長到一個大理石大小的空間。然而直到最近,研究人員還沒有必要的工具來理解這種結(jié)構(gòu)在精細(xì)控制基因表達(dá)中的重要性,或者在準(zhǔn)備轉(zhuǎn)錄的位點研究基因組的結(jié)構(gòu)。
2014年,Young和他的實驗室確定基因組的部分位于基于環(huán)的結(jié)構(gòu)中,創(chuàng)建了絕緣鄰域,使增強子,啟動子和基因緊密相鄰。每個環(huán)在頂部被一對分子(稱為CTCF)綁定在一起。這種結(jié)構(gòu)對于正確的基因控制至關(guān)重要:如果環(huán)結(jié)構(gòu)被破壞,基因表達(dá)被改變,細(xì)胞可能變得患病或死亡。
在目前的研究中,楊和共同第一作者Abraham Weintraub和Charles Li仔細(xì)研究了一種眾所周知但尚未被充分了解的蛋白質(zhì):Yin Yang 1(YY1)。數(shù)百篇科學(xué)論文將YY1功能障礙與病毒感染,癌癥和關(guān)節(jié)炎等疾病聯(lián)系起來,但這些研究對YY1的功能產(chǎn)生了看似矛盾的觀察。
根據(jù)Young及其同事的說法,YY1是一種獨特的轉(zhuǎn)錄因子,它占據(jù)增強子和啟動子,對細(xì)胞存活至關(guān)重要,幾乎存在于人類和小鼠的每種細(xì)胞中。與CTCF一樣,YY1也可與自身配對并與DNA結(jié)合形成增強DNA轉(zhuǎn)錄的環(huán)。
“YY1表達(dá)廣泛,有必要在多種細(xì)胞類型中建立增強子 - 啟動子環(huán),”Weintraub說。“這是它的工作,而不是招募轉(zhuǎn)錄裝置。當(dāng)YY1產(chǎn)生的結(jié)構(gòu)被移除時,基因組不再正確折疊,基因控制失去,受影響基因的轉(zhuǎn)錄顯著減少,這可能導(dǎo)致功能障礙。”
這種YY1功能模型可以解釋它與許多不同疾病的關(guān)聯(lián)。今年早些時候,科學(xué)家報告了YY1綜合征 - 一種遺傳綜合癥,在YY1基因突變的人群中引起認(rèn)知障礙。
根據(jù)Young的說法,YY1可能不是唯一具有這種環(huán)形成作用的轉(zhuǎn)錄因子,他的實驗室將尋找具有相似功能的其他因子。
“YY1很可能只是第一個,并且可能有很多合作者都有類似的角色,”Young說。“而不是我們認(rèn)為這些轉(zhuǎn)錄因子與轉(zhuǎn)錄裝置相互作用的經(jīng)典功能,并指示基因轉(zhuǎn)錄本產(chǎn)生多少或多少 - 它們將調(diào)控元件與基因結(jié)合在一起。整個工作轉(zhuǎn)錄因素正在形成結(jié)構(gòu)。我們意識到形成物理結(jié)構(gòu)的東西比我們所欣賞的要重要得多。“
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