超螺旋沿著染色質(zhì)纖維推動分子手銬
基因調(diào)控依賴于分子水平上復雜的結(jié)構安排和過程。其中之一,稱為“染色質(zhì)環(huán)擠壓”,與一些越野跑鞋的快速系帶系統(tǒng)非常相似:當扣環(huán)向下推時,頂部擠出一個較大的環(huán)。這是轉(zhuǎn)錄發(fā)生的地方。
基因組結(jié)構領域的最新進展已經(jīng)確定了cohesin-一種形成一對分子手鐲或手銬的蛋白質(zhì)復合物 - 起到扣環(huán)部分的作用。通過與染色質(zhì)纖維緊密結(jié)合,cohesin最初捕獲小DNA環(huán)。隨著cohesin手銬沿著纖維滑動,這些環(huán)生長。
“Cohesin是基因調(diào)控難題的核心部分,”SIB集團負責人Andrzej Stasiak說。“關于是什么引發(fā)了這種蛋白質(zhì)復合物沿著染色質(zhì)的運動,正在進行激烈的爭論。”
眾所周知,Cohesin在染色體結(jié)構中起著幾個關鍵作用。事實上,如果cohesin出現(xiàn)問題,可能會出現(xiàn)嚴重的發(fā)育異常或癌癥。
超螺旋作為染色質(zhì)環(huán)擠出的馬達
Andrzej Stasiak在SIB的DNA和染色體建模小組著手了解推動沿著纖維的粘連的電機的性質(zhì)。
他們的一個提示來自越來越多的研究表明轉(zhuǎn)錄誘導轉(zhuǎn)錄DNA的軸向旋轉(zhuǎn)。這反過來已知導致染色質(zhì)環(huán)繞其自身卷繞,類似于圖1所示的鞋帶。
因此,研究小組模擬了在cohesin手銬兩側(cè)的小染色質(zhì)環(huán)中產(chǎn)生轉(zhuǎn)錄誘導的超螺旋時會發(fā)生什么。
“我們觀察到,超級卷曲開始在粘連蛋白手銬側(cè)面的染色質(zhì)部分積聚,”Stasiak說,“而且,令我們驚訝的是,超級卷曲是沿著染色質(zhì)纖維物理推動cohesin手銬,因此他們抓住的染色質(zhì)環(huán)是積極發(fā)展,完全符合形成TAD的要求。“
該建模研究建立了在染色體中操作的新的化學 - 機械轉(zhuǎn)導過程的基礎,并將它們塑造成最佳調(diào)節(jié)基因表達所需的結(jié)構。
染色體在細胞周期中周期性地改變形狀。在間期,即轉(zhuǎn)錄發(fā)生時,它們處于一種去凝固的形式,看起來像微觀的羊毛球。在這些羊毛球中,染色質(zhì)纖維必須獲得特定的轉(zhuǎn)錄結(jié)構:基因必須與其調(diào)節(jié)元件物理接近。這是在特定區(qū)域內(nèi)完成的,稱為拓撲關聯(lián)域或TAD。據(jù)信TAD的形成始于纖維中生長環(huán)的出現(xiàn)。這種被稱為染色質(zhì)環(huán)擠出的現(xiàn)象仍然被認為是一種機械難題。
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