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      鄰居地圖揭示了基因組的三維形狀
      
			
      
				2019-01-11 11:04:23
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      由SISSA Trieste協(xié)調(diào)的一個小組建立了人類基因組的三維計算機模型。DNA的形狀(及其序列)影響生物過程，對于理解其功能至關(guān)重要。該研究提供了人類基因組的近似但現(xiàn)實的三維識別。隨著新的實驗數(shù)據(jù)的出現(xiàn)，基于實驗信息和統(tǒng)計方法得到的結(jié)構(gòu)重建將得到改進。該研究發(fā)表在科學(xué)報告中。
      

      鄰居地圖揭示了基因組的三維形狀
      

      基因組測序是現(xiàn)代生物學(xué)的一個里程碑，它允許獲得有機體發(fā)育和功能的整個基因序列。對基因組進行測序有點像寫下項鏈中珠子顏色的確切順序 - 知道它們沿著線程排列的方式?jīng)]有給出關(guān)于項鏈形狀的指示。鑒于染色體松散地排列在細胞核中明顯混亂的纏結(jié)中，DNA鏈的形狀可能是高度復(fù)雜的。由于染色體的形狀可能對其功能具有決定性作用，因此重要的是它應(yīng)該被表征，部分原因是因為科學(xué)家們認為細胞核中的DNA纏結(jié)只是顯然是混亂的，而是每個都有一個特定的“地理”。組織和細胞生命階段。
      

      “不幸的是，準(zhǔn)確描述DNA纏結(jié)的形狀是非常復(fù)雜的，”SISSA教授兼新研究協(xié)調(diào)員Cristian Micheletti解釋道。“在我們的案例中，我們使用'鄰近對'的實驗數(shù)據(jù)。”
      

      “想象一下，必須根據(jù)諸如'郵局對面的郵局'這樣的信息創(chuàng)建一個城市地圖，'化學(xué)家靠近健身房'，'水果和蔬菜市場就在足球場附近'，等等如果你只有少量的這樣的陳述，你的地圖將是近似的，在某些情況下是不確定的。但如果你有數(shù)百，數(shù)千甚至更多，那么你的地圖將變得越來越精確和準(zhǔn)確。是我們遵循的邏輯。“
      

      因此，“接近對”指的是關(guān)于地圖上兩點的接近度的信息。在核DNA的情況下，這一信息是由北美研究小組在2010年開發(fā)的一種稱為Hi-C的技術(shù)提供的。在這種化學(xué) - 物理技術(shù)中，核中位于彼此附近的一些基因組被捆綁在一起并按順序識別。通過收集大量這些鄰近對，科學(xué)家發(fā)現(xiàn)染色體的哪些點在細胞核中彼此靠近。雖然這是目前用于研究細胞核中 DNA組織的最有效技術(shù)，但它仍然不足以推斷其整體形狀。“出于這個原因，我們認為我們會嘗試更進一步，”Micheletti說。
      
			

			
        
      
			
      
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