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      CRISPR在新的篩選方法中符合單細(xì)胞測(cè)序
      
			
      
				2019-01-07 08:59:15
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      使用CRISPR / Cas9“基因剪刀”進(jìn)行基因組編輯是生物發(fā)現(xiàn)和鑒定新藥物靶標(biāo)的有力工具。在匯集的CRISPR篩選中，使用針對(duì)數(shù)千種不同基因的CRISPR指導(dǎo)RNA同時(shí)編輯大量細(xì)胞。接下來(lái)，通過(guò)實(shí)驗(yàn)選擇一些編輯的細(xì)胞，并計(jì)數(shù)它們的指導(dǎo)RNA以確定哪些基因?qū)τ谘芯康纳飳W(xué)機(jī)制最重要。
      

      CRISPR在新的篩選方法中符合單細(xì)胞測(cè)序
      

      該篩選方法是解決直接鏈接到一個(gè)細(xì)胞的生長(zhǎng)能力的問(wèn)題，對(duì)于保護(hù)例如癌癥基因鑒定最有用的細(xì)胞反對(duì)對(duì)艾滋病病毒感染化療或免疫細(xì)胞。相反，合并的篩選不適合研究基因調(diào)控和其他復(fù)雜的生物學(xué)機(jī)制。為了理解多個(gè)基因如何協(xié)同調(diào)節(jié)細(xì)胞狀態(tài)，目前有必要為每個(gè)CRISPR靶向基因分別生長(zhǎng)，編輯和分析細(xì)胞，這是繁瑣且昂貴的。
      

      在自然方法發(fā)表的一篇新文章中，由Christoph Bock領(lǐng)導(dǎo)的CeMM科學(xué)家團(tuán)隊(duì)現(xiàn)在提出了一種方法，該方法結(jié)合了匯集和排列的CRISPR屏幕的優(yōu)勢(shì)。通過(guò)將CRISPR 基因組編輯與單細(xì)胞RNA測(cè)序相結(jié)合，他們能夠并行地確定許多基因的基因調(diào)控影響，在單個(gè)實(shí)驗(yàn)中研究數(shù)千個(gè)單個(gè)細(xì)胞。
      

      Bock的團(tuán)隊(duì)成功地采用了優(yōu)雅的設(shè)計(jì)，利用了尖端的分子技術(shù)：該研究的第一作者Paul Datlinger創(chuàng)建了一種病毒載體，用于在單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)中使CRISPR指導(dǎo)RNA可見(jiàn)，以及最新的基于液滴的方法單細(xì)胞RNA測(cè)序提供了足夠的通量來(lái)表征個(gè)體細(xì)胞中數(shù)千個(gè)基因組編輯事件的影響。
      

      創(chuàng)造性地結(jié)合了兩個(gè)最有前途的基因組學(xué)領(lǐng)域，CROP-seq(用于“CRISPR液滴測(cè)序”)方法能夠以其他方法難以實(shí)現(xiàn)的規(guī)模和細(xì)節(jié)進(jìn)行基因調(diào)控的高通量分析。此外，隨著單細(xì)胞測(cè)序成本的下降，該技術(shù)可以產(chǎn)生人類(lèi)基因組中23,000個(gè)基因中每個(gè)基因的調(diào)控效應(yīng)的第一個(gè)綜合圖。
      

      “我們將使用CROP-seq研究白血病發(fā)展中遺傳和表觀遺傳因素的相互作用”，Christoph Bock說(shuō)，推進(jìn)實(shí)驗(yàn)室歐洲研究委員會(huì)(ERC)資助的表觀基因組編程項(xiàng)目。“如果我們了解在試管中制造癌細(xì)胞需要什么，我們就能找到干擾和將細(xì)胞恢復(fù)到危害較小的狀態(tài)的新方法”。
      

      CROP-seq是作為開(kāi)源方法開(kāi)發(fā)的。作為CROP-seq一部分的所有數(shù)據(jù)，協(xié)議，試劑和軟件將由CeMM自由共享，使其他科學(xué)家能夠在自己的工作中使用和擴(kuò)展該方法。盡可能廣泛提供新方法的雄心是CeMM致力于推動(dòng)生物醫(yī)學(xué)研究的一部分。
      
			

			
        
      
			
      
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