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      研究人員對阿拉比卡咖啡的基因組進(jìn)行測序
      
			
      
				2018-12-16 13:39:52
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      由加利福尼亞大學(xué)戴維斯分校領(lǐng)導(dǎo)的國際研究小組的遺傳學(xué)家公開發(fā)布了阿拉比卡咖啡(Coffea arabica)的第一個公共基因組序列。
      

      研究人員對阿拉比卡咖啡的基因組進(jìn)行測序
      

      2014年，由法國發(fā)展研究所的Philippe Lashermes博士領(lǐng)導(dǎo)的研究人員生成了羅布斯塔咖啡的高質(zhì)量草案基因組，科學(xué)上稱為Coffea canephora(syn.Coffea robusta)。
      

      然而，對于更高價值和更具遺傳性復(fù)雜的小?？Х?Coffea arabica)，沒有可公開獲得的基因組序列。
      

      “阿拉比卡咖啡的新基因組序列包含對于開發(fā)高質(zhì)量，抗病的咖啡品種至關(guān)重要的信息，這些品種可以適應(yīng)氣候變化，預(yù)計(jì)將在未來三十年內(nèi)威脅到全球咖啡生產(chǎn)，”共同作者博士解釋說。 Juan Medrano，來自加州大學(xué)戴維斯分校。
      

      “我們希望Coffea arabica序列最終將使每個參與咖啡的人受益 - 咖啡種植者，他們的生計(jì)受到咖啡葉銹病等破壞性疾病的威脅，咖啡加工商和世界各地的消費(fèi)者。”
      

      具體而言，基因組是從稱為藝伎的非凡品種中測序的。
      

      “Geisha品種起源于埃塞俄比亞西部Maji和Goldija山脈，靠近藝妓鎮(zhèn)，是一種以其獨(dú)特的芳香品質(zhì)而聞名的選擇，”研究人員解釋道。
      

      “咖啡傳統(tǒng)上是在酸性土壤，溫暖的溫度和高濕度的非常特定的生長條件下，在赤道緯度低于25度的世界范圍內(nèi)種植的，”他們說。
      

      “在過去的6年里，藝伎在加利福尼亞州圣塔芭芭拉附近成功種植，北緯19度，位于任何其他種植園以北。”
      

      Medrano博士及其同事從23種藝妓咖啡樹的不同組織和發(fā)育階段收集了遺傳物質(zhì) - DNA和RNA樣本。
      

      他們說：“我們對這一品種的DNA和轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了取樣和測序。”
      

      “收集來自不同組織和發(fā)育階段的RNA樣本并測序以結(jié)合ab initio方法增強(qiáng)基因模型預(yù)測。”
      

      該團(tuán)隊(duì)估計(jì)，藝伎的基因組由11.9億個堿基對組成 - 約為人類基因組的三分之一。
      

      該研究結(jié)合了基因組測序和基因組裝配的最新技術(shù)，揭示了估計(jì)有70,830個預(yù)測基因。
      

      展望未來，作者將專注于識別與咖啡質(zhì)量相關(guān)的基因和分子途徑，希望這些能夠更好地理解藝妓咖啡的風(fēng)味特征。
      

      該序列的詳細(xì)信息于2017年1月15日在加利福尼亞州圣地亞哥的PAG(植物和動物基因組)XXV會議上公布。
      
			

			
        
      
			
      
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