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      研究人員測(cè)量單個(gè)細(xì)胞的基因活動(dòng)
      
			
      
				2018-12-07 15:03:22
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      生物學(xué)家,一個(gè)細(xì)胞是自己的一個(gè)世界:它可以形成一個(gè)和諧組織的一部分,或者流氓和病變,如癌癥。但生物學(xué)家們一直在努力確定和追蹤隱藏在許多不同類型的細(xì)胞組織。
      

      研究人員測(cè)量單個(gè)細(xì)胞的基因活動(dòng)
      

      華盛頓大學(xué)的研究人員和艾倫腦科學(xué)研究所開(kāi)發(fā)出一種新方法進(jìn)行分類和跟蹤大量的細(xì)胞組織樣本。在3月15日發(fā)表的一篇論文在《科學(xué)》雜志上,研究小組報(bào)道,就這個(gè)新一方式開(kāi)展試點(diǎn)SPLiT-seq-reliably追蹤基因活動(dòng)在一個(gè)組織的水平單個(gè)細(xì)胞.
      

      “細(xì)胞不同于對(duì)方基于他們的活動(dòng)基因——基因關(guān)閉或打開(kāi),”Georg Seelig資深作者說(shuō),威斯康辛大學(xué)副教授工程系和保羅艾倫計(jì)算機(jī)科學(xué)與工程學(xué)院。“使用SPLiT-seq,就可以測(cè)量基因活動(dòng)單個(gè)細(xì)胞,即使有成千上萬(wàn)的不同細(xì)胞組織樣本。”
      

      SPLiT-seq-which代表分離池Ligation-based轉(zhuǎn)錄組sequencing-combines傳統(tǒng)測(cè)量方法基因表達(dá)用一個(gè)新的轉(zhuǎn)折。十幾年來(lái),科學(xué)家們測(cè)量組織的基因表達(dá)序列的基因“字母”RNA,dna片段像分子是基因表達(dá)的第一步。就這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)一方式開(kāi)展試點(diǎn)RNA-sequencing-profiles RNA在整個(gè)組織。但是這種方法并沒(méi)有告訴研究人員細(xì)胞如何在組織的不同。單細(xì)胞RNA-sequencing地址通過(guò)測(cè)序從孤立的細(xì)胞RNA,但是現(xiàn)有的方法是昂貴的,不很好地伸縮。
      

      SPLiT-seq可以執(zhí)行單細(xì)胞RNA-sequencing沒(méi)有孤立的單個(gè)細(xì)胞。研究人員把細(xì)胞通過(guò)四輪“洗牌”分裂成獨(dú)立的游泳池和混合在一起。每移動(dòng)一步,他們?cè)诿總€(gè)池標(biāo)記RNA與自己獨(dú)特???DNA“條形碼”。最后4輪洗牌和標(biāo)簽,從每個(gè)細(xì)胞RNA本質(zhì)上包含其獨(dú)特的組合的條碼,條碼組合包含在大部分排序所有RNA的組織。
      

      “與這些split-pool條碼的步驟,我們解決測(cè)量基因表達(dá)的一個(gè)大問(wèn)題:可靠地識(shí)別哪些RNA分子來(lái)自原始細(xì)胞的組織樣本,“Seelig說(shuō),世衛(wèi)組織還在華盛頓大學(xué)研究員分子工程與科學(xué)學(xué)院。
      

      “那個(gè)問(wèn)題解決了,我們可以開(kāi)始問(wèn)生物問(wèn)題我們定義的不同類型的細(xì)胞組織,“說(shuō)作者為了逃避抓捕已經(jīng)做Tasic,副主任艾倫腦科學(xué)研究所分子遺傳學(xué)。
      

      團(tuán)隊(duì)執(zhí)行SPLiT-seq在大腦和脊髓的組織樣本實(shí)驗(yàn)室老鼠。使用SPLiT-seq,他們可以測(cè)量超過(guò)156000細(xì)胞的基因活動(dòng)。基于模式的基因活性,他們估計(jì),超過(guò)100種不同類型的細(xì)胞中組織樣本——包括神經(jīng)元和神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞在不同的發(fā)展階段和分化。
      

      SPLiT-seq可以提供豐富的生物數(shù)據(jù)的成本”只是一分錢(qián)每個(gè)細(xì)胞,”說(shuō)Seelig。這是一個(gè)成本大大低于其他RNA單細(xì)胞測(cè)序方法,根據(jù)研究人員。研究人員說(shuō),SPLiT-seq可以回答關(guān)于組織如何發(fā)展的重要問(wèn)題,并確定分鐘基因表達(dá)的改變之前的復(fù)雜的帕金森病或癌癥等疾病。
      
			

			
        
      
			
      
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