來自癌癥基因組圖譜(TCGA)研究網(wǎng)絡(luò)的研究人員的一對研究為致命類型的大腦和皮膚癌的基因組工作提供了新的見解。研究結(jié)果指出了基于基因組學(xué)對癌癥進行分類的新方法，這將導(dǎo)致更明智的方法來預(yù)測疾病行為和更好的治療決策。

黑色素瘤是最嚴(yán)重且可能致命的皮膚癌形式，近年來發(fā)生了復(fù)興。新型免疫療法 - 啟動人體免疫系統(tǒng)的治療方法 - 加入了大量針對特定遺傳目標(biāo)的新藥。更常見的靶標(biāo)之一，BRAF基因的突變，在多達一半的黑素瘤中發(fā)揮作用。

在一項研究中，來自50多個機構(gòu)和超過5個國家的TCGA研究人員分析了333個黑色素瘤皮膚腫瘤的基因組，確定了可能有助于臨床醫(yī)生確定哪些腫瘤更具攻擊性以及哪些腫瘤更可能對某些治療有反應(yīng)的分子亞型。由休斯頓德克薩斯大學(xué)MD安德森綜合癌癥中心的Lynda Chin醫(yī)學(xué)博士，醫(yī)學(xué)博士Jeffrey Gershenwald和Ian Watson博士領(lǐng)導(dǎo)的研究人員于6月18日在Cell上報道了他們的研究結(jié)果。

在該論文中，研究人員報告說，皮膚或皮膚黑色素瘤可以分為四種亞型之一，這四種亞型基于基因突變：BRAF突變體，RAS突變體，NF1突變體和Triple-WT(野生型)。這種基因組分類應(yīng)該有助于更好地個性化患者的治療。例如，Triple-WT腫瘤亞型的特征在于稱為受體酪氨酸激酶的生長促進酶的突變，其可能被抑制其活性的藥物治療。

TCGA研究人員還發(fā)現(xiàn)了一些他們不一定期望的東西：一組患者 - 他們的黑色素瘤腫瘤中的免疫細(xì)胞基因活性高于正??常，并且在其他地方傳播 - 活得更長。研究結(jié)果表明，一些黑色素瘤患者的可能結(jié)局和治療可能受到腫瘤中發(fā)現(xiàn)的免疫細(xì)胞類型和活性水平的影響。

“這可能對免疫療法產(chǎn)生影響，免疫療法一直是黑色素瘤的改變者，是發(fā)病率增長最快的癌癥之一，”沃森博士說。“我們看到這種免疫系統(tǒng)基因活性在黑色素瘤亞型中均勻分布。隨著靶向治療，這將為個性化治療決策提供信息。”

“免疫活動的觀察是該論文的一個亮點，具有潛在的臨床應(yīng)用，”現(xiàn)在德克薩斯大學(xué)奧斯汀分校系統(tǒng)的Chin博士說。“我們看到了一些黑色素瘤患者的免疫檢查點抑制劑的顯著臨床反應(yīng)，這些患者的疾病已在其他地方傳播。這一結(jié)果讓人懷疑具有高免疫活性的患者是否會對這類療法做出反應(yīng)。” 檢查點抑制劑是釋放免疫系統(tǒng)以攻擊腫瘤的藥物。然而，她指出，該研究并未提供證據(jù)證明此類免疫活性的存在可預(yù)測對檢查點治療的反應(yīng)。

對神秘腦腫瘤的新見解

在6月10日在新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志(NEJM)上發(fā)表的腦腫瘤報告中，一個由300多名TCGA研究人員組成的研究小組揭示了觀察罕見且通常致命的腦癌(稱為低級別膠質(zhì)瘤(LGG))的新方法。

研究人員確定腦腫瘤基于其基因構(gòu)成更好地定義，從而繪制出更清晰的癌癥圖像，而不是病理學(xué)家只是在顯微鏡下觀察。他們設(shè)計了一種有前途的新方法來幫助預(yù)測疾病可能如何進展以及哪些治療可能最有效。這些發(fā)現(xiàn)可以迅速改變這些癌癥的診斷和治療方式，并且出人意料地可以幫助對抗最嚴(yán)重的神經(jīng)膠質(zhì)瘤。

每年約有23,000名美國人患上腦癌，導(dǎo)致約14,000人死亡。膠質(zhì)瘤約占腦癌的三分之一。較低級別的膠質(zhì)瘤是最難治療的腦癌之一，部分原因是它們難以診斷。

科學(xué)家傳統(tǒng)上將LGG分為三組腫瘤 - 星形細(xì)胞瘤，少突膠質(zhì)細(xì)胞瘤和少突細(xì)胞瘤 - 盡管在顯微鏡下研究腫瘤組織的病理學(xué)家經(jīng)常得到模棱兩可的結(jié)果。

科學(xué)家們確定了三種新的腫瘤分子分類，每種分類都有不同的臨床表現(xiàn)。腫瘤類別包括具有IDH基因突變，TP53基因或稱為1p / 19q共缺失的染色體異常的那些。

使用腫瘤的基因組構(gòu)成指導(dǎo)治療并不新鮮，但這是科學(xué)家第一次將這種方法擴展到腦腫瘤。研究人員知道，攜帶IDH1或IDH2基因突變的LGG(構(gòu)成大多數(shù)成人LGG病例)和1p / 19q共同缺失的突變在治療中表現(xiàn)良好。但他們驚訝地發(fā)現(xiàn)，缺乏突變的IDH野生型(wt)之一的分子群具有攻擊性，并且具有典型的多形性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(GBM)的分子改變，這是一種更危險和更高等級的癌癥類型。研究人員建議使用IDHwt 可能是GBM的前體，這可能對治療和新的臨床試驗產(chǎn)生影響。

新的分類可以使臨床醫(yī)生將基因組數(shù)據(jù)與來自組織病理學(xué)的證據(jù)相結(jié)合，以預(yù)測疾病進程并提供更完整的診斷和風(fēng)險評估，以及更好的治療選擇和改進的試驗設(shè)計。

“現(xiàn)在，一種少突神經(jīng)膠質(zhì)瘤不僅可以根據(jù)顯微鏡下的樣子進行分類，還可以為診斷提供分子基礎(chǔ)，”主要作者，埃默里大學(xué)醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)博士，醫(yī)學(xué)博士Daniel Brat說。亞特蘭大。“這是通過分子改變開始定義腫瘤的重要一步。它可能會改變實踐。”

兩個團隊都意識到他們的研究工作是了解癌癥行為方式的漫長而艱巨的過程的一部分，并且有時在逐個人的基礎(chǔ)上開發(fā)出對抗癌癥的方法。TCGA的力量在于它能夠識別模式并試圖理解癌癥的分子瘋狂。

TCGA和通過該計劃資助的研究團隊于2008年啟動，揭示了許多不同腫瘤類型的基因組細(xì)節(jié)，如結(jié)腸癌，乳腺癌，卵巢癌和腎癌。TCGA是由國家癌癥研究所和國家人類基因組研究所共同支持和管理的合作，這兩個研究所都是美國國立衛(wèi)生研究院的兩個部分。