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      下一代DNA測(cè)序的更多技巧 DNA條形碼瘋狂
      
			
      
				2019-01-24 09:52:25
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      Sinai Health System的Lunenfeld-Tanenbaum研究所(LTRI)和多倫多大學(xué)Donnelly中心的一組研究人員開(kāi)發(fā)出一種新技術(shù)，可以將細(xì)胞內(nèi)的DNA條形碼拼接在一起，同時(shí)在數(shù)百萬(wàn)個(gè)蛋白質(zhì)對(duì)中搜索蛋白質(zhì)相互作用。該論文將于今天發(fā)表在“ 分子系統(tǒng)生物學(xué) ”雜志上。
      

      下一代DNA測(cè)序的更多技巧 DNA條形碼瘋狂
      

      近年來(lái)，DNA條形碼使科學(xué)家們能夠進(jìn)行高度平行的實(shí)驗(yàn)，其中可以在同一管中測(cè)試許多不同類型的細(xì)胞。下一代DNA測(cè)序可進(jìn)一步實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo)，可有效計(jì)算條形碼并“讀出”結(jié)果。然而，可以在同一管中組合的實(shí)驗(yàn)數(shù)量限于條形碼細(xì)胞類型的數(shù)量。允許條形碼在細(xì)胞內(nèi)融合在一起意味著科學(xué)家現(xiàn)在可以打破這個(gè)障礙。該新技術(shù)的結(jié)果發(fā)現(xiàn)，同樣的價(jià)格的10倍上升率。
      

      “使用DNA條形碼進(jìn)行多重實(shí)驗(yàn)是一項(xiàng)非常強(qiáng)大的技術(shù)，”該研究的資深作者弗雷德里克(弗里茨)羅斯說(shuō)，他在Lunenfeld-Tanenbaum研究所和唐納利中心交叉任命，同時(shí)也是加拿大卓越研究主席和加拿大高級(jí)研究所高級(jí)研究員。“然而，它是一維的，在某種意義上我們只需要讀取每個(gè)條形碼的一個(gè)實(shí)驗(yàn)。通過(guò)組合細(xì)胞內(nèi)的條形碼，我們可以大大增加我們可以在一個(gè)試管中組合在一起的實(shí)驗(yàn)數(shù)量”
      

      在一種廣泛使用的稱為酵母雙雜交(Y2H)的方法中，攜帶'誘餌' 蛋白的酵母細(xì)胞與攜帶'獵物'蛋白的酵母細(xì)胞交配。Y2H系統(tǒng)經(jīng)過(guò)操作，只有誘餌和獵物蛋白粘在一起的細(xì)胞才能存活下來(lái)，這使得科學(xué)家們可以看到哪些蛋白質(zhì)與其他蛋白質(zhì)相關(guān)。羅斯博士的團(tuán)隊(duì)將他們的新技術(shù)命名為Barcode Fusion Genetics-Yeast Two Hybrid(BFG-Y2H)。在BFG-Y2H中，攜帶數(shù)千種“誘餌”和“獵物”蛋白的細(xì)胞在同一培養(yǎng)物中交配在一起。羅斯說(shuō)：“為了確保每個(gè)蛋白質(zhì)對(duì)都經(jīng)過(guò)相互作用測(cè)試，這個(gè)過(guò)程確保每種細(xì)胞類型與其他所有細(xì)胞類型相互配合。就像邁阿密的春假一樣。”
      

      作者說(shuō)，BFG-Y2H方法的新穎之處在于細(xì)胞被編程為將誘餌和捕食細(xì)胞的DNA條形碼連接在一起形成一個(gè)“融合條形碼”。然后可以應(yīng)用下一代DNA測(cè)序方法來(lái)檢測(cè)融合條形碼，這些條形碼對(duì)應(yīng)于粘在一起并使其細(xì)胞存活的誘餌和獵物蛋白的組合。
      

      蛋白質(zhì)，單獨(dú)工作或在較大的組件中工作，是執(zhí)行細(xì)胞的許多操作的機(jī)器。作者說(shuō)，用于繪制蛋白質(zhì)相互作用的更有效技術(shù)可以擴(kuò)展研究人員對(duì)我們細(xì)胞如何工作的理解，并揭示僅在某些環(huán)境條件下發(fā)生的蛋白質(zhì)相互作用。
      

      東京大學(xué)的Nozomu Yachie，該論文的主要作者之一，指出“可以在一個(gè)燒瓶中測(cè)試數(shù)百萬(wàn)個(gè)蛋白質(zhì)對(duì)的相互作用，因此一個(gè)研究人員可以在兩個(gè)條件下同時(shí)測(cè)試數(shù)十個(gè)條件在實(shí)驗(yàn)室工作幾周。“
      

      LTRI的Evangelia Petsalaki也是第一作者，他指出“最終的目標(biāo)是生成蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)圖的'3D視頻'而不是靜態(tài)圖片。我們的BFG-Y2H方法將加速我們對(duì)基因功能的理解和人類疾病通過(guò)有效地生成更多信息豐富的蛋白質(zhì)相互作用圖。“
      

      題為“ 使用條形碼融合遺傳學(xué)的匯集基質(zhì)蛋白質(zhì)相互作用篩選”的論文于2016年4月22日出現(xiàn)在Molecular Systems Biology期刊(文章12：863)中。
      
			

			
        
      
			
      
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