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      優(yōu)雅的技巧改善了單細(xì)胞RNA測序
      
			
      
				2019-01-05 14:56:13
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      液滴微流體技術(shù)徹底改變了單細(xì)胞RNA測序，為單細(xì)胞基因組學(xué)提供了低成本，高通量的方法。然而，該方法在捕獲完整RNA轉(zhuǎn)錄信息的能力方面受到限制。
      

      優(yōu)雅的技巧改善了單細(xì)胞RNA測序
      

      康奈爾的研究人員 - 由Meinig生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院助理教授Iwijn De Vlaminck領(lǐng)導(dǎo) - 提出了一種優(yōu)雅，低成本的方法來解決這個問題。它不僅推動了單細(xì)胞基因組學(xué)的發(fā)展，還可能為感染和免疫生物學(xué)研究提供新的途徑。
      

      最近在Nature Methods上發(fā)表了“單細(xì)胞中的同時多重擴增子測序和轉(zhuǎn)錄組分析” 。De Vlaminck實驗室的博士后研究員Mridusmita Saikia和博士生Philip Burnham是主要作者。
      

      獸醫(yī)學(xué)院貝克動物健康研究所助理教授查爾斯丹科和貝克研究所病毒學(xué)副教授約翰帕克也做出了貢獻。
      

      2015年，來自哈佛大學(xué)和麻省理工學(xué)院的研究人員介紹了Drop-seq，這是一種同時有效地表征數(shù)千個細(xì)胞身份的方法，使用納升級液滴并在每個細(xì)胞的RNA上附加一個獨特的標(biāo)識符。
      

      “這些技術(shù)非常受歡迎，因為它們降低了這些類型的分析成本，并使它們民主化，使它們非常便宜并且很容易為許多實驗室做，”De Vlaminck說。
      

      然而，缺點是它們只能識別某種類型的信使RNA(mRNA)分子，這限制了潛在的分析范圍。信使RNA攜帶在翻譯過程中從DNA復(fù)制的遺傳信息。
      

      De Vlaminck和他的合作者已經(jīng)為現(xiàn)有的Drop-seq協(xié)議提出了簡單，廉價的改進，并將他們的新方法稱為DART-seq(通過單細(xì)胞測序進行液滴輔助RNA靶向)。
      

      在Drop-seq中，單個細(xì)胞用標(biāo)記的微粒包封，其啟動細(xì)胞mRNA的逆轉(zhuǎn)錄。De Vlaminck小組設(shè)計了一種在進行常規(guī)Drop-seq分析之前對酶進行酶促定制的有效方法，該分析允許回收和分析比通過Drop-seq測序獲得的更多種類的分子。
      

      此外，該技術(shù)可以識別病毒感染的細(xì)胞，并量化病毒和宿主基因的表達，從而能夠檢測宿主對單細(xì)胞水平感染的反應(yīng)。
      

      “一種病毒種類可以非常多樣化，這種多樣性使它們能夠做出非凡的事情，”伯納姆說。“因此，如果您可以縮小到單細(xì)胞水平，您實際上可以看到病毒的微小變化如何導(dǎo)致細(xì)胞對這種小突變的反應(yīng)發(fā)生潛在的巨大變化。”
      

      Saikia與獸醫(yī)學(xué)院有雙重任命，他認(rèn)為DART-seq也將有助于為癌癥治療的新方法提供信息。
      

      “癌細(xì)胞是一個非常異質(zhì)的群體，”她說，“當(dāng)你不在單細(xì)胞水平上看它們時，你經(jīng)常會錯過重要的信息。所以我們的技術(shù)也允許這樣做。”
      
			

			
        
      
			
      
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