蛋白質(zhì)如何與包裝DNA結(jié)合
紫外線會(huì)破壞皮膚細(xì)胞的DNA,導(dǎo)致皮膚癌。但這個(gè)過(guò)程通常會(huì)被DNA修復(fù)機(jī)器抵消。然而,目前尚不清楚修復(fù)蛋白如何在染色質(zhì)緊密堆積的DNA上發(fā)揮作用,其中DNA損傷的獲取受到蛋白質(zhì)包裝的限制。在昨天發(fā)表在“自然”雜志上的一項(xiàng)研究中,弗里德里希·米歇爾生物醫(yī)學(xué)研究所的研究人員使用低溫電子顯微鏡來(lái)確定一種能夠回答這個(gè)問(wèn)題的機(jī)制。
“在過(guò)去,核小體被認(rèn)為是DNA結(jié)合蛋白的主要障礙,”資深作者NicolasThomä說(shuō)。“在我們的研究中,我們證明它們不是,并且該系統(tǒng)適用于無(wú)論它們?cè)诤翁幎寄芙Y(jié)合紫外線病變。”
紫外線損傷DNA后,紫外線誘導(dǎo)的損傷由稱為UV-DDB的蛋白質(zhì)復(fù)合物檢測(cè)。以前,人們認(rèn)為UV-DDB可以與其他蛋白質(zhì)一起轉(zhuǎn)移核小體,以便進(jìn)入這些難以接近的病變,但新的研究表明,不一定需要額外的蛋白質(zhì)。相反,UV-DDB復(fù)合物利用了核小體DNA的內(nèi)在動(dòng)力學(xué)。
“為了想象在分子水平上發(fā)生的事情,想象一下纏繞在線軸上的一根繩子,當(dāng)它被向前或向后拉一點(diǎn)時(shí)就可以進(jìn)入,”第一作者Syota Matsumoto解釋道。使用低溫電子顯微鏡,科學(xué)家確定了UV-DDB的三維結(jié)構(gòu),當(dāng)它與核小體周圍不同位置的病變結(jié)合時(shí)。在可以直接接觸的可接近病變的情況下,UV-DDB緊密地結(jié)合病變。閉塞病變的識(shí)別需要額外的步驟:UV-DDB通過(guò)核小體的自然動(dòng)態(tài)暫時(shí)暴露時(shí)會(huì)結(jié)合紫外線病變。
但新工作的范圍超出了DNA修復(fù)范圍。根據(jù)Thomä的說(shuō)法,“這項(xiàng)研究真正強(qiáng)大的原因在于,我們發(fā)現(xiàn)的機(jī)制可以很好地用于許多其他類型的DNA結(jié)合蛋白。獲取核小體DNA不僅是DNA修復(fù)的基礎(chǔ),而且與所有與染色質(zhì)結(jié)合的蛋白質(zhì)相關(guān)。通過(guò)我們的研究,我們定義了以前未知的蛋白質(zhì)獲取染色質(zhì)DNA模板的策略。“
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